Das Gemeindegebiet von Loretto ist überaus reich an urgeschichtlichen  und römerzeitlichen Fundstellen.  Durch Steinbeilfunde belegt ist eine  Bauernsiedlung der Jungsteinzeit  im Bereich des Klostergartens. Siedlungsfunde der Bemaltkeramischen Kultur (Lengyelkultur, kamen in der Ried "Ochsenstand" zutage. Bei den Ausgrabungen in dieser Ried wurde ein großes  Gräberfeld mit 135 Bestattungen erschlossen, dessen Belegung von der späten Urnenfelderzeit über die Hallstattzeit  bis in die Frühlatènezeit dauerte.  Die  hallstattzeitlichen Brandgräber sind reich mit Gefäßbeigaben ausgestattet. Besonders interessant ist ein Kindergrab mit Keramikspielzeug, das aus Miniaturgefäßen, Rasseln in Birnen- und Vogelform, Rädern von Spielzeugwägelchen, Tierfigürchen von Hirsch, Pferd, Rind, Hund, Gans und Ente besteht. Aus der Hallstattzeit stammt auch eine mit figuralen Darstellungen auf der Innenseite verzierte Schale. Unter den latènezeitlichen Körpergräbern ist ein reiches Kriegergrab mit eiserner Lanzenspitze, Eisenmesser, Fibel, Ring und Tongeschirr bemerkenswert. 

Die bedeutendste Fundstelle der Römerzeit liegt in den "Kreinäckern". Hier lag ein römischer Gutshof (villa rustica) mit einem Friedhof, der Urnen-, Aschenkistengräbern und Steinplattengräbern.

Loretto gehört so wie die Nachbargemeinde Stotzing zu den jüngsten Dorfgründungen des Burgenlandes. Freiherr Hans Rudolf von Stotzingen ließ nach einer Wallfahrt 1644 nach Loretto bei Ancona eine Kopie der Gnadenstatue von Loretto in Italien anfertigen und stellte diese zunächst in seinem Schloss in Seibersdorf auf. 1644 wurde die Statue in die 1431 von den Kanizsai errichteten, 1529 von den Türken zerstörte und wieder aufgebaute Johanniskapelle übertragen. Stotzingen ließ 1645 neben der Kapelle ein Kloster  für die Servitenpatres errichten, das von den Nadasdy erweitert wurde. 1651 bis 1659 wurde eine große Wallfahrtskirche gebaut. Zur selben Zeit wurde auch die Errichtung eines neuen Klosters in Angriff genommen. Dabei  wurde die Lorettokapelle abgetragen und einige Meter nach hinten in den Kreuzgang versetzt, der an die Kirche anschließt. Am 2. Juli 1659 konnte die neue Kirche eingeweiht werden.  Kirche und Kloster  wurden 1683 von den Türken und Kuruzzen zerstört und wieder aufgebaut. Die Bewohner und auch die Serviten mussten fliehen. Kloster, Kirche und teilweise auch die Wohnhäuser blieben längere Zeit Ruinen. Erst um 1699 wurden Kirche und Kloster wieder aufgebaut. Die Gnadenstatue geriet in die Hände der Türken und wurde nach deren Niederlage vor Wien von Johann Sobieski nach Polen gebracht. Erst einige Jahre später gelangte sie wieder nach Loretto. Um die Kapelle entstand die Siedlung Loretto, die von vilen Händlern bewohnt wurde, die vom Geschäft mit den Wallfahrern lebten. Bald ließen sich auch Handwerker im Ort nieder.  Die neu gegründete Siedlung entstand  auf dem Gemeindegebiet von Leithaprodersdorf, wurde dann zur  neu erstandenen Gemeinde Stotzing geschlagen und erhielt später ein eigenes kleines Gemeindegebiet. 1666 verschaffte Graf Nádasdy der Siedlung das Marktrecht.

Einen neuen Aufschwung erlebte der Markt, nachdem Fürst Paul Esterházy 1702 die Herrschaft Hornstein und damit auch "oppidum Lauretum" erworben hatte. Allerdings musste die neue Esterházysche Besitzung zunächst die Brandschatzung durch die Kuruzzen (1705) hinnehmen. Paul Esterhazy ließ die Kirche im Baraockstil umgestalten. Der Wallfahrtsort erlebte im 18. Jahrhundert eine Blütezeit. Kaiser Karl VI., Maria Theresia, Franz I. besuchten die Wallfahrtskirche. Im Ort wurde eine kleine Druckerei errichtet, die Gebetsdrucke, Beichtzettel und Wallfahrtsflugblätter herstellte.1787 wurde das Kloster aufgehoben, die Wallfahrt wurde stark eingeschränkt, hörte aber nie ganz auf. Das Klostergebäude wurde als Wolldepot, während der napoleonischen Kriege  und auch noch im Ersten Weltkrieg als Lazarett genützt. Zu Beginn des 20. Jahrhunderts übernahmen es die Schulbrüder und richteten eine Anstalt für schwer erziehbare Kinder ein. Die Pfarre wurde von Weltpriestern betreut. Von 1926 bis 1953 kehrten für kurze Zeit die Serviten zurück. 1964 wurden Pfarre und Kloster der Kongregation der Oblaten der Jungfrau Maria übertragen. 1997 wurde die Kirche vom Papst zur Basilika Minor erhoben. Die Zahl der Wallfahrer nahm nach dem Zweiten Weltkrieg wieder zu, besonders zu Mariä Himmelfahrt, Mariä Geburt und zur Kroatenwallfahrt im September.


Der Erste Weltkrieg forderte 16 Opfer. Nach Kriegsende wurde im Juli 1919 wie in allen Orten ein kommunistischer Arbeiter- und Bauernrat eingerichtet. In der Anschlussfrage des Ortes an Österreich bezog die Gemeinde 1920 eindeutig Stellung zu Deutschösterreich.
Der Zweite Weltkrieg forderte 17 Opfer innerhalb der Gemeinde. Der Ort wurde ohne Kampfhandlungen von den Russen besetzt. Ein Teil der Bewohner war vor der Invasion nach Westen geflohen, kehrte jedoch nach etwa zwei Monaten wieder zurück. In der Folge konnte der Wiederaufbau des bekannten Gnadenortes in Angriff genommen werden. Ab 1971 bildeten die drei Ortsteile Leithaprodersdorf, Loretto und Stotzing die Großgemeinde Leithaprodersdorf.  Erst 1990 wurde der Ort  wieder selbständig.

Unter Bürgermeister Felix Kozar wurde Loretto im Jahr 1992 zur kleinsten Marktgemeinde Österreichs erhoben, die Gemeinde erhielt ein eigenes Wappen verliehen. Die wichtigsten Aufgaben, die mit hohem finanziellen Aufwand und viel Einsatz gelöst werden mussten, waren die Verbesserung der Infrastruktur. Ein neuer Brunnen für die Ortswasserleitung wurde errichtet, die Kanalisation durchgeführt,  die Straßen wurden asphaltiert und das Gemeindehaus renoviert und 1999 dort das Standesamt untergebracht. Das Feuerwehrhaus erhielt einen Mehrzwecksaal, der den Veranstaltungen der Vereine dient. Ein großzügiger Park wurde angelegt und das Ortsbild dadurch erheblich verschönert. Die Restaurierung der Basilika und des Klosters erforderten immer wieder große Aufwendungen.

Die Bevölkerungszahl stagnierte lange Zeit. Erst seit 1971 ist sie deutlich im Ansteigen, von 234 auf 458 Einwohner. In politischer Hinsicht wird das Dorf deutlich von der ÖVP dominiert. 2017 erhielt diese 67 % der Stimmen und 8 Mandate, die SPÖ  32,88 % und 3 Mandate. Bürgermeister ist Markus Nitzky von der ÖVP, der ohne Gegenkandiaten  2012 mit 91,25 % der Stimmen geählt wurde. 2017 erhielt er 76,15 %.