Über zwei Jahrhunderte spielten die Batthyány im Abwehrkampf gegen die Osmanen eine überaus wichtige Rolle. Der Aufstieg der Familie war zu einem Großteil dieser Aufgabe zu verdanken. Schon ab der Mitte des 16. Jahrhunderts besaßen die Batthyány in Slawonien, in den Komitaten Agram, Kreuz und Warasdin, große Grundherrschaften. Der königliche Kämmerer Balthasar I. erwarb im Komitat Kreuz die Burg Greben und mehrere andere Burgen und Herrschaften. Er gehörte damit zu den mächtigsten Grundherrn Slawoniens. Erst 1524 kam unter Franz I. Batthyány mit Güssing auch ein neuer Schwerpunkt ihrer Herrschaft in Westungarn hinzu. Schon Balthasar I. war mehrmals Ban der überaus wichtigen Festung Jaice in Bosnien. 1509 bis 1517 war er Viceban von Slawonien. In dieser Zeit unternahmen die Osmanen bereits regelmäßig Streifzüge zwischen Save und Drau bis in die Steiermark und nach Krain. Da die Bane häufig abwesend waren fiel Balthasar die Organisation des Grenzschutzes zu. Sein Sohn Franz I. konnte auf dessen Verdienste aufbauen. Er wurde zusammen mit dem Thronfolger, dem späteren König Ludwig II., am Hof in Ofen erzogen. Nach dessen Thronbesteigung stieg er rasch auf, bekam hohe Hofämter und zählte zu den vornehmsten und einflussreichsten Aristokraten des Königreiches. Seine Heirat mit Katharina Schwetkowitsch, einer Hofdame der Königin Maria von Habsburg, begünstigte diesen Aufstieg. 1525 bis 1533 war Franz I. Ban von Kroatien und Slawonien und damit Befehlshaber der Grenzverteidigung. Auch Erzherzog Ferdinand, der Landesherr von Steiermark, Kärnten und Krain, hatte großes Interesse an diesem Schutgürtel. Ab 1522 unterstützte er die Abwehrmaßnahmen durch Entsendung von Truppen, die im Sold der Kärntner und Krainer Stände standen. Franz I. Batthyány überlebte die Schlacht von Mohacs und behielt seinen Posten auch unter dem neuen König Ferdinand I., dem er sich anschloss. Er wurde 1527 mit den Herrschaften Schlaining und Rechnitz belohnt. Erst jetzt wurden die Batthyány von einer slawonischen Adelsfamilie zu einer der mächtigsten ungarischen Magnatenfamilien. 1528 fiel Jaice, die slawonischen Besitzungen der Familie wurden immer häufiger bedroht. So verschob sich ihr Herrschaftsschwerpunkt immer mehr in den westlichen Grenzraum, mit den Herrschaften Güssing, Schlaining und Rechnitz. Eine Folge dieses Prozesses war auch die Umsiedlung kroatischer Bauern in diese neuen Herrschaften.
In der zweiten Hälfte des 16. Jahrhunderts spielte Franz I. als Berater König Ferdinands I. eine wichtige Rolle und war auch an der Organisation der Türkenabwehr beteiligt. 1543 wurde Nikolaus Zrinyi Ban von Kroatien und Slawonien. Balthasar III. Batthyány trat in der Türkenabwehr wenig in Erscheinung, obwohl auch er einige militärische Ämter ausübte, etwa als Stellvertreter des Kreisgenerals Franz Török oder als Mitglied des Hofkriegsrates. Die Truppen seiner Privatarmee nahmen aber an den Kämpfen teil, unter Franz Nadasdy, unter seinem Schwager Georg Zrinyi und unter Veit von Hallegg. Batthyánys Untertanen waren am Bau der Festung Kanizsa und der neuen Grenzburg Weitschowa, die mit Unterstützung der steirischen Stände gebaut wurde, beteiligt. In dieser Zeit begannen die osmanischen Überfälle auch auf die westungarischen Güter der Batthyany.
Die Situation änderte sich völlig, als 1600 die Festung Kanizsa von den Osmanen erobert wurde. Die Kampfzone rückte nun gefährlich nahe. Die Batthyany mussten nun auch ihre westungarischen Güter verteidigen. Franz II. Batthyany nahm als Hauptmann aktiv am "Langen Türkenkrieg" teil und war auch an der Neugestaltung der Grenzverteidigung gegenüber Kanizsa beteiligt. 1601/2 wurde er Oberhauptmann von Körmend und übernahm das Kommando in den südlich davon gelegenen Grenzburgen. Nördlich davon, mit dem Zentrum Sárvár, kommandierte Franz Nádasdy. 1605 ging die Herrschaft Körmend an die Batthyany über. Franz II. wurde 1605 Kreisgeneral in Transdanubien. Als solcher kontrollierte er einen Teil der Grenzverteidigung. Diese war recht kompliziert organisiert. Es gab das Amt des Grenzobersten und das des Kreisobersten. Die Grenzobersten oder Grenzgenerale befehligten von einer Hauptfestung (Raab, Kanizsa, Neuhäusel, Kaschau ...) aus die Grenzgeneralate. Die Kreisobersten oder Kreisgenerale leiteten die militärischen Angelegenheiten der Stände, befehligten das adelige Aufgebot und jene Truppen, die von den Kriegssteuern des ungarischen Reichstages finanziert wurden. Dieses Amt konnte ausschließlich von einem ungarischen oder kroatischen Aristokraten besetzt werden. Es kam aber auch vor, dass Grenz- und Kreisgeneralate in der Hand einer Person waren. So konnte Adam I. Batthyány beide Generalate, das im Dienste des Herrschers und das im Dienste der Stände, gleichzeitig in seiner Hand vereinen. Franz II. Batthyány hätte dies ebenfalls angestrebt aber nicht erreicht, da man in Wien ihm gegenüber misstrauisch war. Er war ja Protestant und hatte sich Gabor Bethlen angeschlossen. Gegenüber seinem zum Katholizismus konvertierten Sohn Adam bestanden diese Vorbehalte nicht. Dieser war Grenzgeneral gegenüber Kanizsa wie auch Kreisgeneral von Transdanubien. Adam nahm auch persönlich an Aktionen gegen die Türken teil. Die kleineren Überfälle konnte freilich auch er nicht verhindern. Das Kontingent des Kreisgenerals war in seiner Burg Körmend stationiert. Es bestand aus 150 Husaren und 100 Fußknechten. Adam Batthyány vereinbarte 1655 mit dem Hofkriegsrat die Übergabe seiner Position, also die Vererbung beider Generalate, zunächst an seinen Sohn Christoph II. und dann an seinen Sohn Paul. Nach Christoph II. übernahm dessen Sohn Adam II. 1685 die Beiden Generalate. Er wurde nach der Rückeroberung von Kanizsa General an der neuen Grenze und Feldmarschallleutnant der kaiserlichen Armee. Die "Vererbung" dieser Position in der Familie Batthyány war einzigartig. Mit der Vertreibung der Osmanen endete der Dienst der Batthyány in der Grenzverteidigung. Sie stellten aber auch noch im 18. Jahrhundert mehrere bedeutende Generäle.