Die starken Truppenkonzentrationen in Pannonien hatten zur Folge, dass diese Provinz in den Auseinandersetzungen im Römischen Reich, vor allem im Kampf um den Kaiserthron, eine immer wichtigere Rolle spielte. 192 wurde Kaiser Commodus ermordet. Die Attentäter erhoben in aller Eile Pertinax, den Präfekten von Rom, auf den Kaiserthron. Er wurde bald darauf von den Prätorianern ermordet. Auch sein Nachfolger Didius Julianus regiert nur kurz. Er kam nur deshalb auf den Thron, weil er den hauptstädtischen Truppen die größten Versprechungen machte. Im Jahre 193 wurde der aus Africa stammende General Septimius Severus in Carnuntum zum Gegenkaiser ausgerufen. Einen weiteren Gegenkaiser gab es mit Pescennius Niger in Antiochia. Es folgte ein blutiger Bürgerkrieg, in dem Septimius Severus vom Anfang an die besten Chancen hatte. Ihm schlossen sich alle Truppen an der Donau und am Rhein und schließlich auch die drei britischen Legionen unter Clodius Albinus an. Dieser verlangte allerdings den Caesarentitel für seine Hilfe. Noch 193 zog Septimius Severus mit seiner Donauarmee in Eilmärschen nach Rom, das sich kampflos unterwarf. 193/94 wurde auch Niger in drei Schlachten besiegt und getötet. Durch Dekret ließ sich der neue Kaiser zum Adaptivsohn des Mark Arel machen und erhob seinen Sohn Marcus Aurelius Antoninus, den man Caracalla nannte, zum Caesar. Clodius Albinus, der sich dadurch zurückgesetzt sah, nahm den Kampf auf, landete in Gallien und wurde bei Lugdunum besiegt. Septimius Severus ging nun, nachdem alle Rivalen beseitigt waren, äußerst brutal auch in Rom gegen alle Senatoren vor, die nicht vom Anfang an auf seiner Seite gestanden hatten. Er ersetzte sie durch ihm treue, altgediente Soldaten zumeist aus Pannonien. Das Rezept, gestützt auf die kriegstüchtigen Legionen der Donaugrenze die Macht in Rom zu ergreifen, hatte sich erstmals bewährt und zur Gründung einer neuen Kaiserdynastie geführt. In der Folgezeit sollte es immer wieder angewandt werden.
Die Provinz Pannonien blühte zur Zeit der Severer erneut kräftig auf, Städte und Gutshöfe wurden wieder aufgebaut. 194 bekamen die beiden Provinzhauptstädte Carnuntum und Aquincum (Budapest) den besonders ehrenvollen Titel einer Colonia verliehen. Die Schäden der Markomannenkriege konnten nun endgültig beseitigt werden. Vor allem die großzügigen Solderhöhungen der Soldaten wirkten sich postiv auf die Provinzen aus. Vor allem in die Grenzgebiete floß sehr viel Geld. Einen regelrechten Investitionsschub erlebte Pannonien im Jahre 202, als der Kaiser die Provinz besuchte. Von Sirmium aus zog er mit einem großen Gefolge entlang der Donau nach Norden und traf am 10. Jahrestag seiner Machtübernahme in Carnuntum ein. Über Scarabantia und Savaria, wo anläßlich seines Besuches wahrscheinlich das Isis- Heiligtum eingeweiht wurde, erfolgte die Rückreise. An der Nordgrenze war es nun ruhiger, während im Westen, an der Grenze Raetiens, die Alamannen zur größten Bedrohung wurden. Um die Mitte des 3. Jahrhunderts war die Blütezeit freilich schon wieder zu Ende. Die Germaneneinfälle an der unteren Donau, die gelegentlich auch Pannonien erreichten, brachten neue Unruhe und schwere Zerstörungen. Die häufig wechselnden Kaiser, die nicht selten von den pannonischen oder illyrischen Truppen ausgerufen wurden, konnten sich zumeist nicht lange halten, immer wieder kam es zu Bürgerkriegen. Die Soldzahlungen blieben oft aus. Kein Wunder, daß man der großen Gefahren, die an vielen Grenzabschnitten nun gleichzeitig auftauchten, nicht mehr Herr werden konnte.