Mit dem Reichsgesetz vom 15. Oktober 1938 wurde das Bundesland Burgenland bzw. der Gau Burgenland aufgelöst. Die Bezirke Neusiedl, Eisenstadt, Mattersburg und Oberpullendorf wurden dem Gau Niederösterreich, später Niederdonau, die Bezirke Oberwart, Güssing und Jennersdorf dem Gau Steiermark angeschlossen.
Die Idee einer Aufteilung des ehemaligen Deutschwestungarn war freilich nicht neu. Schon im Anschlusskampf war ja vor allem im Süden der Anschluss an die Steiermark gefordert worden. Walheim sprach in seiner Regierungserklärung als Landeshauptmann 1923 vom "Gespenst der Aufteilung" im Zusammenhang mit der Hauptstadtfrage.
Die Auseinandersetzungen um einen selbständigen Gau Burgenland begannen schon bald nach dem Anschluss. Tatsächlich bestand vom Anfang an kaum eine Chance, das Land als Einheit zu erhalten, da es von der Größe her weit unter der für einen Reichsgau vorgesehenen Größe lag. In einem Schreiben des Staatssekretärs im Reichsinnenministerium, Stuckart, an den Reichsminister und Chef der Reichskanzlei Lammers vom 26. April 1938 wurde bereits die Auflösung des Landes angeregt. Auch aus der Steiermark kamen entsprechende Anregungen. Der steirische Gauführer des Reichskriegerbundes Major i.R. Kajetan Flecker regte in der Denkschrift "Volksraum- und Grenzschutz im südlichen Burgenland" vom 20. März 1938 den Anschluss des südlichen Landesteiles an die Steiermark an, wobei er vor allem militärische Gesichtspunkte geltend machte. Durch die Vergrößerung der Steiermark sollte ein starkes Bollwerk gegen Osten geschaffen werden, den ungarischen Revisionsforderungen, die ja nun wieder auflebten, sollte ein endgültiger Riegel vorgeschoben werden. Letzteres war ein Argument, das schon lange eine wichtige Rolle spielte. Es wurde darauf hingewiesen, dass Ungarn ein großes Interesse an einem Land Burgenland habe, denn nur wenn die abgetrennten Gebiete eine Einheit blieben könnten die Revisionsforderungen eventuell einmal verwirklicht werden. Tatsächlich wurden nach dem Anschluss Österreichs an das Deutsche Reich in Ungarn Forderungen nach einer Revision der Friedensverträge laut und in der Öffentlichkeit die Rückgabe des Burgenlandes verlangt. In Ungarn kursierten wilde Gerüchte, dass es dementsprechende Absprachen zwischen Hitler und Gömbös gegeben habe. Diese Gerüchte hatten keinerlei Grundlage, in Berlin wies man solche Absichten zurück und auch die ungarische Regierung hatte nie die Ansicht, derartige Forderungen gegenüber dem Deutschen Reich zu erheben.
Auch ein eigener Gau Oststeiermark mit Fürstenfeld als Zentrum wurde erwogen. Zu den Hintergründen der Auflösung schreibt A. Ernst: "Die Berliner Regierung empfand gegen das Burgenland keine Animositäten. Sie wollte in Österreich nur vollenden, was seit der Machtübernahme 1933 im Deutschen Reich mit den historisch gewachsenen Territorien erfolgreich begonnen hatte; Einengung der Autonomie, Verschiebung der Landesgrenzen, Beschneidung der herkömmlichen Rechte usw. ... Es ging darum ...das Heimat-, Landes - und Staatsbewusstsein auszuschalten und Verunsicherung in die Bevölkerung hineinzutragen ..." (A. Ernst, S.123). In erster Linie wurde freilich die Verwaltungsvereinfachung geltend gemacht.
In einer Denkschrift, die am 4. April dem Reichskommissar Bürkel in Wien über "die zukünftige parteimäßige und staatliche Organisation in Österreich" überreicht wurde, verfasst vermutlich vom Reichsamtsleiter Christian Opdenhoff, wurde bereits die Aufteilung des Burgenlandes ins Auge gefasst. Die Denkschrift wurde Ende April in einer Landeshauptleutekonferenz diskutiert.
Gauleiter Dr.Tobias Portschy versuchte vergeblich, die Aufteilung des Landes zu verhindern. Am 6. April 1938 besuchten Reichsinnenminister Frick und Gauleiter Bürkel das Burgenland. Dabei kam das Problem vermutlich erstmals offiziell zur Sprache. Portschy verfasste die Denkschrift "Mission des Burgenlandes", in der er, das Problem der zu geringen Größe erkennend, sehr geschickt zur Offensive überging und die Angliederung niederösterreichischer und steirischer Gebiete an ein weiter bestehendes Burgenland vorschlug. Portschy brachte in seinem Memorandum auch die historische Bedeutung des Landes in Richtung Osten ins Spiel, wies auf den deutschen Siedlungsboden im benachbarten Westungarn und auf die Beziehung zum Deutschtum in Ungarn hin. "Ödenburg, Preßburg, Ungarisch Altenburg, Wieselburg, Güns, St. Gotthard und noch viele andere deutsche Dörfer liegen im geschlossenen deutschen Siedlungsraum und gehören noch nicht zum Burgenland. ... Es ist demnach das Burgenland ein Teil Pannoniens und ist als Grenzland und Grenzgau dazu berufen, seine Mission einheitlich im Raum zwischen der Donau und der Drau, ja sogar noch darüber hinaus zu erfüllen. Aus diesem Grunde ... halte ich die Aufteilung des Burgenlandes für nicht gerechtfertigt, es sei denn, dass man aus mir unbekannten Gründen die gegenwärtige Grenze des Burgenlandes gegenüber Ungarn für alle Zeiten als gegeben hinnehme ..." (Zitiert nach Ernst, S. 128) Portschy schlug vor, das Burgenland durch ein Hinterland (Oststeiermark, Süd-, Ost- und Aspanggebiet Niederösterreichs zu stärken, wobei sinnfällig die später noch dazukommende Ergänzung durch das geschlossene deutsche Siedlungsgebiet im heutigen Ungarn bliebe ...
Das Projekt Reichsgau Südost wurde von allen betroffenen Kreisleitern in Graz diskutiert.Die folgenden Wochen wurde heftig um die Neuorganisation gerungen, wobei es neben der eben erst entstandenen Identität der Menschen im Burgenland auch um Machtpositionen und um Posten ging. In Wien wurden weitere Entwürfe zur Neueinteilung der Gaue angefertigt, die im Hinblick auf das Südburgenland sehr unterschiedlich waren. In den meisten Vorschlägen war die Aufteilung des Burgenlandes aber bereits vorgesehen. Angesichts der Unsicherheit drängte man Hitler zu einer Entscheidung. Am 23. Mai fand eine Besprechung in München statt. Dabei wurde vorgesehen, das ganze Burgenland und das Industriegebiet im südlichen Niederösterreich an die Steuermark anzuschließen. In Berlin wurden erste Gesetzesentwürfe in diese Richtung ausgearbeitet. Dagegen gab es aber Widerstand aus Niederösterreich und die Pläne wurden erneut geändert. Hitler gab schließlich seine Zustimmung.
Die Aufteilung konnte letztlich nicht verhindert werden. Am 1. Oktober 1938 wurde das Gebietsveränderungsgesetz beschlossen. Ende September wurde in Eisenstadt zwischen Vertretern der drei betroffenen Ländern eine Abwicklungsstelle eingerichtet, die rechtliche und finanzielle Fragen klären sollte. Portschy wurde stellvertretender Gauleiter der Steiermark. Die burgenländischen Beamten sollten in den Gauverwaltungen von Niederösterreich und der Steiermark entsprechend berücksichtigt werden. Ein Filialarchiv wurde in Eisenstadt eingerichtet und das Landesmuseum mit dem Wolfmuseum zu einem "Landschaftsmuseum" vereinigt. Die Verwaltung der Apostolischen Administratur der katholischen Kirche musste nach Mattersburg verlegt werden. Auch die Evangelische Superintendentur Burgenland blieb erhalten. Am 12. Oktober wurde der bisherige Verwaltungsbezirk Neusiedl dem Bezirk Bruck an der Leitha angeschlossen. Die bisherigen Bezirke Mattersburg und Eisenstadt wurden zum Verwaltungsbezirk Eisenstadt zusammen geschlossen. Neudörfl kam zum Bezirk Wr. Neustadt. Der Bezirk Oberpullendorf wurde um den Gerichtsbezirk Kirchschlag erweitert. Am 1. April 1941 wurde eine kleine Korrektur vorgenommen: die Gemeinden Hollenthon, Lichtenegg und Wiesmath kamen zum Bezirk Wr. Neustadt. Die beiden Bezirke Güssing und Jennersdorf wurden aufgelöst und auf die drei Bezirke Feldbach, Fürstenfeld und Oberwart aufgeteilt. Bruckneudorf kam zur Stadt Bruck, die Bewohner von Kaisersteinbruch wurden ausgesiedelt, der Truppenübungsplatz entsprechend erweitert. Ober- und Mitterpullendorf wurden vereinigt, Eisenstadt - Oberberg, - Unterberg sowie Kleinhöflein und St. Georgen kamen zu Eisenstadt.
Gegen die Gebietsveränderungen gab es kaum Widerstand. Je mehr das NS - Regime aber seine unerfreulichen Seiten zeigte desto stärker wuchs auch wieder ein burgenländisches Landesbewusstsein. Zwar gab es nach dem Zusammenbruch des Dritten Reiches weiterhin maßgebende Stimmen - vor allem in Niederösterreich - die für die Beibehaltung der Aufteilung eintraten. Die Mehrheit der Bevölkerung und, was letztlich ausschlaggebend war, auch die russische Besatzungsmacht wünschten die Wiederherstellung des Burgenlandes.