Die Herrschaft der Habsburger über Restungarn war trotz der Türkennot immer durch die Macht der Stände begrenzt. Für Verwaltung und Rechtsprechung entstanden unter Ferdinand I. getrennte österreichische, böhmische und ungarische Hofkanzleien. An Zentralbehörden gab es den Hofkriegsrat und die Hofkammer. Der Hofkriegsrat war auch für Ungarn zuständig, da der Kampf gegen die Türken im wesentlichen vom kaiserlichen Militär geführt wurde. Die Unzufriedenheit mit dem König wurzelte auch darin, dass im Kampf gegen die Türken überwiegend Truppen deutscher Herkunft eingesetzt wurden, sehr oft schlecht bezahlt und versorgt und daher zügellos waren. Trotzdem konnte man auf sie nicht verzichten, denn auch in "Friedenszeiten" gingen die Grenzüberfälle weiter. Mit den ungarischen Ständen gab es vor allem in Steuerfragen ständig Konflikte. Die Stände hatten großen Einfluss auf die Besetzung der Landesbehörden , die Komitate hatten die lokale Militär- und Steuerverwaltung in ihrer Hand. Sie nahmen sogar das Recht in Anspruch, königliche Befehle abzulehnen. Die Konflikte zwischen der Krone und den Ständen wurden durch zudem durch die konfessionellen Gegensätze verschärft. Das Herrscherhaus hielt am Katholizismus fest, das überwiegend deutsche Stadtbürgertum wandte sich dem Luthertum zu, der magyarische Adel wurde überwiegend kalvinistisch. Zeitweise konnten die Kaierlichen Siebenbürgen besetzen. Die gewalttätige Behandlung des Landes, besonders der Versuch, die Gegenreformation zu erzwingen, hatte den Aufstand zur Folge. Der Erhebung des Adels schloss sich sogar das lutherische Stadtbürgertum an. Unter der Führung Stefan Bocskais erfasste der Aufstand schließlich weite Teile des Landes. Norfungarn, Westungarn, ja selbst niederösterreichische und steirische Grenzgebiete wurden verwüstet.

Die an die Habsburger verpfändeten Herrschaften in Westungarn wurden der niederösterreichischen Kammer unterstellt und überwiegend an österreichische und steirische Adelige verpfändet. Sie galten als "angefügte" oder "inkorporierte" Herrschaften und wurden zeitweise durchaus als ein Teil des Landes "Österreich unter der Enns gelegen" gesehen. Von ungarischer Seite wurde die "Entfremdung" immer wieder heftig verurteilt und ständig die "Rückgliederung" verlangt. Die deutsche Besiedlung, deutsche Rechtsgewohnheiten und auch die kulturelle Ausrichtung, die deutsche Sprache in Schule und Verwaltung, stärkten die Bindung an die deutschen Länder.

Die deutschen Adelsgeschlechter wie die Weispriach, die Königsberger, die Fürst wurden in Westungarn maßgebend und lösten die ungarischen Gara und Kanizsai ab. Die Herrschaften Eisenstadt, Güns und Bernstein wurden den Pfandherrn übertragen. Schwieriger war die Situation in Bezug auf die Herrschaften Kobersdorf und Hornstein. Sie befanden sich zwar in den Händen österreichischer Adeliger, der Weispriach in Kobersdorf und der Grafenegger in Hornstein-Seibersdorf. Beide hatten die Herrschaften von Matthias Corvinus übertragen bekommen und hatten in Ungarn das Indigenat erworben, waren also "Ungarn" und Angehörige der ungarischen Stände. Sie sahen ihre Herrschaften als "freies Eigen" an. So konnte der letzte Grafenegger 1504 Hornstein seinem Oheim Dr. Veit von Fürst als freies Eigen verkaufen. Maximilian beanspruchte Hornstein zwar als heimgefallenes Lehen und übertrug die Herrschaft kaiserlichen Räten, konnte aber auf die wertvollen Dienste Veit von Fürsts als Diplomaten nicht verzichten, sodass sich dieser schließlich behaupten konnte. Sein Bruder erhielt die Herrschaft dann nach österreichischem Lehens- und Landrecht. 1561 verkaufte Hans Konrad von Fürst die Herrschaft an den Hofkammerrat Leonhard Pichler von Weitersegg. Nach dessen Tod ging die Herrschaft an seinen Schwiegersohn Ruprecht von Stotzingen über. Die Stotzingen besaßen die Herrschaft bis 1651. Die Weispriach hatten in Landsee und Kobersdorf einige Probleme. Nach dem Tod Ulrichs von Weispriach, der Burg und Herrschaft Landsee und auch Kobersdorf als Pfandherrschaft besaß, forderte Wladislaw II. von Ulrichs Witwe Gertrud die Rückgabe von Landsee. Gertrud weigerte sich und Wladislaw musste sogar Maximilian I. um Unterstützung ersuchen. Um Landsee, Kobersdorf und Ödenburg entwickelte sich ein Konfliktherd, der zu einem regelrechten Kleinkrieg ausartete (Landseer Fehde). Der König konnte sich nicht durchsetzen, die Weispriach behaupteten sich. Sie waren König Ferdinand I. gegenüber loyal und erhielten 1546 auch die Grafschaft Forchtenstein, 1553 die Herrschaft Eisenstadt und 1547 auch die Herrschaft Güns als Pfandbesitzungen. 1563 überließ Johann Weispriach die Herrschaft Kobersdorf seinem Schwiegersohn Johann Csóron. Dabei zeigte sich das Problem um die Sonderstellung der Herrschaft. Csóron anerkannte zwar, dass die Herrschaft dem Hause Österreich "inkorporiert" sei und erklärte sich bereit, freiwillig die Steuerleistungen zu tragen. 1569 aber verweigerte er den erzherzoglichen Kommissaren den Zutritt mit der Begründung, dass Kobersdorf ja kein Pfandgut sondern sein erbeigentümlicher Besitz sei. Die Herrschaft Güns anerkannte unter österreichischen Pfandherrn die Zuständigkeit der niederösterreichischen Regierung und Stände, wurde aber nach 1576 unter ungarischen Magnaten zunehmend entfremdet.

Bernstein war in Pflegschaft der Prüschenk (Hardegg), Pottendorf und Grafenegg. 1587 gelangte die Herrschaft an die Königsberg, das damals mächtigste Geschlecht in der Pittener Mark und schon seit längerer Zeit auch in Westungarn vertreten. Die Königsberg waren entschiedene Vertreter des Luthertums. 1517 erhieten sie Bernstein als Pfand. Erst 1636 konnte Ehrenreich Christoph von Königsberg von Ferdinand II. die Herrschaft als Eigentum erwerben. Aber schon 1644 verkaufte er die Herrschaft an Adam Batthyany, damals schon im Besitz von Schlaining, Rechnitz und Güssing. Adam Batthyany ließ sich um diese Erwerbung abzusichern in die österreichischen Stände aufnehmen und versprach, alles bei der österreichischen Ordnung bleiben zu lassen. Die Prüschenk, Sigmund und Heinrich, die sich später nach ihrer Burg Hardegg benannten, bekamen von Kaiser Friedrich III. die Grafschaft Forchtenstein, die Herrschaft Eisenstadt und Burg und Herrschaft Güns verpfändet. Sie versprachen, nach Friedrichs Tod die Herrschaften an Ungarn zurückzustellen. Unter Maximilian I. überließen sie 1509 Eisenstadt Veit von Fürst, den Besitzer von Hornstein und Seibersdorf. 1533 traten sie Forchtenstein an Jakob von der Dürr ab, der sie 1546 an Johann von Weispriach, den Herrn von Kobersdorf, Obergespan des Komitates Ödenburg und Hauptmann der Stadt Ödenburg, verkaufte. Auch Johann von Weispriach war ein Förderer der lutherischen Lehre. Er stieß aber vor allem als Pfandherr von Eisenstadt zunehmend auf Widerstand, da er seine Untertanen wirtschaftlich ausbeutete. Eine Untersuchung ergab zahlreiche Misstände, sodass sich Maximilian II. entschloss, Eisenstadt und Forchtenstein einzuziehen und sie direkt der Kammer zu unterstellen. Güns hatte zuvor schon Johann Csóron in Besitz genommen. Die Ablöseforderungen für Forchtenstein und Eisenstadt waren mit 77 361 Gulden riesig. Sie wurden größtenteils von den Untertanen dieser Herrschaften aufgebracht, gegen die schriftliche Zusicherung, niemals mehr verpfändet zu werden. An dieses Versprechen hielt man sich aber mit der Übergabe ab NIkolaus Esterhazy aber nicht. König Rudolf II. beabsichtigte, die beiden Herrschaften zu Residenzherrschaften für deine Bruder Ernst zu machen, der Statthalter der österreichischen Länder und Befehlshaber des Heerwesens in Ungarn war. Der Plan scheiterte wegen des Todes Erzherzog Ernsts und auch wegen des ungarischen Widerstands.

Die Herrschaften der Habsburger in Westungarn wurden zusehends stärker in den österreichisch - steirischen Wirtschaftsraum einbezogen. Einzelne Orte hatten ja schon seit dem Spätmittelalter Einfuhr- oder Durchfahrtsprivilegien, die wichtigsten Güter des Landes wie Getreide und Vieh gingen ja in den Westen. Bei den Zöllen, den indirekten Steuern und bei der Einschränkung des Weinhandels wurden sie aber als Ausland behandelt. Die niederösterreichischen Stände verlangten energisch das Einfuhrverbot aus Ungarn, auch aus den Pfandherrschaften. Nur wenn in den österreichischen Ländern Missernten auftraten wurde dieses gelockert. Zollfrei durften lediglich die Güter von den niederösterreichischen Besitzern in Westungarn, vor allem also Wein, eingeführt werden.

Die ungarischen Stände hatten nie aufgehört, auf Rückstellung der "verpfändeten Herrschaften" zu drängen. Immer wieder beschäftigten sich Reichstage mit der Frage und nahezu alle Herrscher mussten bei ihrer Krönung die Erfüllung der ungarischen Forderungen geloben. Mit dem Aufstand Bocskais 1605/6 wurde das Problem immer brennender und auf fast allen Reichstagen wurde die Herausgabe der Herrschaften Bernstein, Kobersdorf, Güns, Forchtenstein, Eisenstadt und Hornstein gefordert. Der Friedensschluss mit Bocskai brachte den ungarischen Ständen Zugeständnisse im Hinblick auf freie Religionsausübung. In den Antecoronationsartikeln von 1608, die König Matthias vor seiner Thronbesteigung beschwören musste, wurden Religionsfreiheit und der ständische Einfluss auf die Regierung bestätigt. Der Aufstand Gabor Bethlens und seine Unterstützung für die rebellierenden böhmischen Stände, seine Erfolge in Nord-und Westungarn brachte die Habsburger in Bedrängnis. Nach der Niederlage der aufständischen Böhmen war Bethlen zu Friedensverhandlungen bereit. 1621 wurde der Frieden von Nikolsburg geschlossen, für das Burgenland überaus folgenreich, weil dabei der Freiherr Nikolaus Esterházy eine wichtige Rolle spielte. Auf Ersuchen des Königs trat er Schloss und Herrschaft Munkács an Bethlen ab. Dafür bekam er am 27. Jänner 1622 die Grafschaft Forchtenstein und die Herrschaft Eisenstadt überschrieben. Damit zeichnete sich das Verhängnis für Westungarn, besonders für dessen evangelisch - deutscher Bevölkerung, ab und es begann die Dominanz jenes Magnatenhauses, das das heutige Nordburgenland bis in die jüngste Zeit dominierte. Seit 1625 war Nikolaus Esterházy ungarischer Palatin und ging nun daran, die magyarisch - nationalen Forderungen zu erfüllen. Zudem hatte sich Ferdinand II. im Inauguraldiplom von 1618 verpflichtet, die Herrschaften an Ungarn "zurückzugeben". 1625 setzte Ferdinand II. eine gemischte Kommission ein, um die ungarischen Forderungen zu untersuchen. Die österreichischen Bevollmächtigten hatten keine Ahnung von der Materie, ja sie kannten nicht einmal den Preßburger Vertrag von 1491. So gaben sie den magyarischen Forderungen widerstandslos nach. Am 19. Jänner 1626 wurde in Eisenstadt ein Vertrag unterzeichnet, in dem die Herrschaften Forchtenstein und Kobersdorf ohne Rückgabe der Pfandsumme dem ungarischen Königreich "reinkorporiert" wurden. Wie Nikolaus Esterhazy zog auch Georg Draskovich, seit 1635 Bischof von Raab, am gleichen Strang. Auch die katholische Kirche arbeitete systematisch an der "Rückgabe" der übrigen Herrschaften.

Der im Grenzgebiet begüterte österreichische Adel wurde enteignet, die übrigen Herrschaften durch ungarische Herrengeschlechter übernommen. Auf dem Reichstag von 1635 wurde vehement auch die "Rückgabe" der übrigen Herrschaften gefordert. Als 1644 Georg I. Rákóczy mit Frankreich und Schweden ein Bündnis schloss müsste der Kaiser nachgeben und den Ungarn Zugeständnisse machen. 1645 bestätigte der Friede von Linz den ungarischen Ständen die "Freiheiten" von 1608. 1647 fiel am Preßburger Generallandtag die endgültige Entscheidung über das weitere Schicksal der Herrschaften Eisenstadt, Bernstein, Güns und Hornstein. Trotz des Protestes der niederösterreichischen Stände wurde auf diese Herrschaften Verzicht geleistet und 1648 sanktioniert. Rudolf von Stotzing wurde als Ausländer für besitzunfähig erklärt und mit Gewalt aus der Herrschaft Hornstein vertrieben. Eisenstadt und Güns wurden königliche Freistädte. Es hatte keine Konsequenzen, dass die niederösterreichischen Stände die Entscheidung nicht anerkannten und bis 1835 immer wieder protestierten. Schon am 1. März 1626 forderte Nikolaus Esterhazy als Palatin sämtliche in Forchtenstein und Kobersdorf begüterten Österreicher auf, binnen 15 Tagen den Besitznachweis nach ungarischem Recht zu erbringen. Für den 22. Feber 1627 erhielten sie alle die Vorladung zu einer Tagsatzung nach Mattersburg. Vorgeladen wurdenLudwig von Königsberg (Marz und Zemendorf), Wolfgang Matthäus von Königsberg(Pöttsching), Johann Christoph Urschenbeck (Schattendorf, Wiesen, Pöttsching, Müllendorf, Sigleß, Hirm), Johann Christoph Teuffl ( Trausdorf, St. Georgen) Johann Christoph von Kienburg (Zillingtal, Müllendorf, Großhöflein), Johann Christoph Unverzagt (Großhöflein), Gundaker von Pollheim (Krensdorf), Georg Gabriel von Kollonitsch ( Marz), Eva von Kollonitsch (Steinbrunn), das Wiener Neustädter Neukloster (Pöttsching, Marz, Wulkaprodersdorf), Johann Jakob Rueff (Mattersburg), Gregor Benedikt Tollas (Forchtenau) Johann Elman (großhöflein), Johann Suphart (Breitenbrunn), Ladislaus Nagy (Antau), Brassican (St. Georgen), Georg Pruckner (St. Georgen), Georg David Leißer (Donnerskirchen), Christoph Adam Geyer (Oggau, Schützen a.Gebirge), Johann Baptist Föggler ( Oggau, Schützen a.Geb.), Oktavian von Stotzingen ( Wulkaprodersdorf), Christoph Lakner (Wulkaprodersdorf), Tannewitz (St, Margarethen) und Georg Friedrich Spaner (Breitenbrunn). Ihnen allen wurden ihre Besitzrechte abgesprochen. Zwar wurde ihnen eine Entschädigung angeboten, doch entsprach diese nur einen Bruchteil des tatsächlichen Wertes. Einige der Betroffenen trafen Sondervereinbarungen mit Esterhazy, andere ließen sich auf Prozesse ein, die Jahrzehnte dauerten und nicht den geringsten Erfolg hatten. 1642 beschäftigte sich der niederösterreichische Landtag mit den Beschwerden der Enteigneten. Ferdinand II. wurde aufgefordert, zu intervenieren, aber offenbar ohne Erfolg. Der Kaiser-König wagte es anscheinend nicht, sich gegen Esterhazy zu stellen. Zu keiner Einigung kam es mit Hans Rudolf von Stotzingen, 1647 ließ ihn Franz III. Nadasdy als besitzunfähig erklären und die gesamte Herrschaft konfiszieren.

Die Gefahr von Seiten der Türken wurde nach der Niederlage von Mohacs 1526 immer drängender. König Ferdinand I. zog sofort gegen Ungarn, um seine Thronansprüche gegenüber Johann Zapolya geltend zu machen. Auf dem Viervelt bei Kittsee sammelten sich die habsburgischen Truppen unter dem Oberbefehl Kasimirs von Brandenburg. Es wurden eilig Verteidigungsmaßnahmen getroffen, Fliehburgen angelegt, Kirchen befestigt, Aussichtsberge und Burgen als Warnstellen eingerichtet. Kreidfeuer und Kreidschüsse sollten die Bevölkerung warnen. Nach türkischem Vorbild wurden an Flussübergängen hölzerne Wachthäuser (Tschartaken) errichtet. Alle diese Maßnahmen nützten nichts, als Sultan Soliman II. im Sommer 1529 mit einem Heer von 200 000 Mann nach Westen aufbrach. Ofen wurde erobert, Gran, Komorn, Raab und Ungarisch Altenburg ergaben sich. Der Sultan setzte Zapolyai als König von Ungarn ein. Der Türkenzug hinterließ im Norden des heutigen Burgenlandes grauenhafte Verwüstung. Das Kloster der Zisterzienser bei Königshof und viele Dörfer der Stiftsherrschaft Heiligenkreuz und der Herrschaft Ungarisch Altenburg wurden zerstört. Selbst nach dem Abbruch der Belagerung von Wien wurde das Land noch von türkischen Scharen durchzogen. Am 25. April 1532 brach Soliman II. in Konstantinopel zu einem neuerlichen Zug auf, diesmal durch die südwestlichen Komitate Ungarns. Die Türken gelangten vor die Burg Güns, die von Nikolaus Jurisich mit einigen Hundert Soldaten und Bauern aus der Umgebung verteidigt wurde. 18 Angriffe Ibrahim Paschas wurden abgewiesen. Beide Seiten waren erschöpft. In den Verhandlungen wurde eine Scheinkapitulation vereinbart, eine türkische Fahne auf den Stadtmauern gehisst. Die Burg Schlaining wurde vergeblich belagert. Während der Belagerungen durchstreiften die türkischen Truppen das ganze Land bis weit nach Niederösterreich hinein, zerstörten zahlreiche Dörfer und verschleppten viele Bewohner, vor allem Jugendliche. Unzählige Kirchen, etwa auch Klostermarienberg, dessen Mönche geflohen waren, wurden zerstört. Die Türken zogen weiter nach Ödenburg und Eisenstadt, die huldigen mussten. Der Sultan hielt sich einige Tage in Eisenstadt auf. Das Hauptheer zog inzwischen über die Steiermark zurück.

Es blieb bei der Dreiteilung Ungarns mit ständigen kleinen Konflikten an den Grenzen. Die Verteidigung wurde neben dem kaiserlichen Militär den Grundherrn Westungarns, den Königsbergern, Batthyany und Nadasdy, im 17. Jahrhundert dann auch den Esterhazy, übertragen. Sie bekamen die staatlichen Steuern und hatten dafür bestimmte Militärkontingente unter Waffen zu halten. Die Wehranlagen wurden ausgebaut und modernisiert. Die Städte Raab und Kanizsa waren die Hauptstützpunkte, dazu die Burgen von Ungarisch Altenburg, Sárvár, Egervár, Güns, Güssing, Bernstein und Körmend, zusätzlich zu den bestehenden Burgen und Städten - Forchtenstein, Eisenstadt, Schlaining, Neuhaus, Rechnitz Lockenhaus, Eberau, Landsee, Kittsee und vor allem die Städte Güns, Eisenstadt und Ödenburg. Im 16. Jahrhundert wurden die Wasserburgen Lackenbach und Tabor gebaut. Die großen Festungen waren mit deutschem Militär, ungarischen Heiducken und Husaren oder angeworbenen Söldnertruppen (Wallonen, Raizen, Kosaken) belegt. Sie unterstanden dem Wiener Hofkriegsrat. Vor allem die Bathyany waren über lange Zeit Oberhauptmänner von Transdanubien und Oberbefehlshaber königlicher Soldaten und wurden von der ungarischen Kammer besoldet. Von den Privatheeren der Grundbesitzer lebten ein Teil auf den Burgen, die anderen in der näheren Umgebung.

Während des "15-jährigen Krieges" 1593 bis 1606 und des "Langen Türkenkrieges" wuchs die Zahl der Söldner. Ihre Versorgung wurde zunehmend zu einem Problem. Die Söldner plünderten vielfach die eigenen, christlichen Gebiete aus. Die ungarische Kammer musste gewaltige Kriegsanleihen aufnehmen und dafür die staatlichen Einnahmen verpachten oder die Geldgeber mit Grundbesitz entschädigen. Dadurch wuchsen Besitz und Macht der großen Grundherrn.

1593 griffen die Türken wieder an, 1594 fiel die Hauptfestung Raab - ein Schock für die christliche Welt. 1598 konnte Raab zwar zurückerobert werden, 1601 aber eroberten die Türken die Festung Kanizsa. Als nach einigen militärischen Erfolgen Kaiser Rudolf II. das Fürstentum Siebenbürgen durch Gewalt und rigide Maßnahmen zur Rekatholisierung unterwerfen wollte kam es 1604 zum Aufstand, die Bocskai Rebellion, in der sich der magyarische Adel noch einmal mit dem deutschen Bürgertum der lutherischen Städte zusammenschloss, im Kampf um Glaubensfreiheit und ständische Rechte. Der berüchtigte 22. Gesetzesartikel des Preßburger Landtages dekretierte die uneingeschränkte Dominanz der katholischen Religion und drohte strenge Strafen an. Auf einem in Oberungarn abgehaltenen Landtag wurde Stefan Bocskai zum Fürsten von Ungarn und Siebenbürgen gewählt. Die meisten Adelsfamilien schlossen sich ihm an. Die Erhebung verlor aber rasch ihren Charakter eines nationalen Freiheitskampfes. Sie wurde zu einem Raubkrieg übelster Sorte, mit Überfällen auf die Dörfer, Zerstörung, Plünderung, Brandschatzung. Davon war das Land zwischen Raab und Leitha betroffen. Auch die Türken und die gefürchteten tatarischen Reiterscharen beteiligten sich wieder und verbreiteten Furcht und Entsetzen. Kaum ein Dorf entging der Verwüstung. Unzählige Menschen wurden getötet, gefoltert, in die Gefangenschaft verschleppt. Die Heiducken und Tataren ließen sich auf der großen Schüttinsel in der Donau nieder, weiter im Süden wurde Sárvár das Zentrum der Rebellion. Führer war der berüchtigte Heiduckenoberst Gregor Némethy. Die Verwüstungen und die Menschenverluste waren schlimmer als die der Türkenkriege. Etwa 118 Siedlungen wurden verwüstet. Ödenburg konnte eine Belagerung erfolgreich überstehen. Im Mai, Juni und Oktober 1605 fielen die Heiducken und Tataren auch in die Steiermark und nach Niederösterreich ein. Im November 1605 flauten die Überfälle nach einem Waffenstillstand mit Bocskai ab und im Dezember konnten die Kaiserlichen unter Feldmarschall Tilly noch eine Sieg über die bereits desorganisierten Haufen der Türken, Tataren und Heiducken erringen. Am 11.November 1606 wurde der Friede von Zsitva-Torok auf zwanzig Jahre geschlossen.

Während des 30-jährigen Krieges unterstützte der Woiwode von Siebenbürgen Gabor Bethlen die aufständischen Böhmen. Die Grenzstädte Preßburg und Ödenburg wurden erobert und die Reiterei Bethlens durchstreifte auch das angrenzende Niederösterreich. Die ungarischen Stände wollten Bethlen zum König wählen, dieser konnte sich aber nicht zu diesem letzten Schritt entschließen. Bethlen wollte auch Nikolaus I. Esterhazy gewinnen. Als seine Bemühungen scheiterten versuchte er, Esterhazy, der sich in Lackenbach aufhielt, gefangen zu nehmen. Stefan Huszar rückte mit 2000 Mann aus. Esterhazy versammelte die Bauern der Umgebung und ließ einen Boten an den kaiserlichen Reitergeneral Dampierre abgehen.Bethlens Unterführer Matthias Tarrody ließ Lackenbach umzingeln. Durch "Scheinverhandlungen" konnte der Angriff hinausgezögert werden. Am 30.September 1620 erfolgte der Angriff. Die ungarischen Reiter wurden von den Kaiserlichen gemeinsam mit den Bauern, unter anderen den Neckenmarktern, besiegt, die Heiducken in die Flucht geschlagen. 1621 wurde dann der Friede von Nikolsburg geschlossen. Esterhazy überließ Bethlen Schloss und Herrschaft Munkács und bekam dafür Forchtenstein und Eisenstadt. Als Dank für seinen Sieg in der "Schlacht von Lackenbach" ließ Esterhazy das Eisenstädter Franziskanerkloster neu aufbauen.

1663 nahm Großvesir Achmed Köprülü die Offensivpoltik des Osmanischen Reiches wieder auf. Sie eroberten die Festung Neuhäusl. Weder die Kaiserlichen noch die ungarische Adelsinsurrektion konnten dies verhindern.Die deutschen Fürsten wurden zu einer Reichshilfe bereit. Es gelang dem Kaiser, ein großes Heer aufzustellen. Der Großvesir überschritt 1664 mit einem riesigen Heer die Drau. Die kaiserliche Armee unter dem Oberbefehlshaber Generalfeldmarschall Raimund Montecuccoli zog sich entlang der Raab zurück und wartete auf die Reichstruppen der Bayern, Schwaben, Niedersachsen, Westfalen und Franken, 6200 Mann und 1200 Reiter unter Reichsgeneralfeldmarschall Markgraf Leopold von Baden und auf ein französisches Hilfskorps in der Stärke von 5200 Mann. Die beiden Heere standen sich an der Raab gegenüber. Bei St. Gotthard - Mogersdorf kam es am 1. August zur Schlacht. Sie endete mit einer verheerenden Niederlage der Türken. Die ungarische Streitmacht unter General Nadasdy griff nicht ein. Schon am 10.August 1674 wurde der Friede von Eisenburg (Vásvár) geschlossen, der für die Türken trotz ihrer Niederlage äußerst vorteilhaft war, keine Gebietsgewinne brachte und den Adel Ungarns provozierte. Dieser "Schandfriede" und die einsetzenden brutalen Rekatholisierungsmaßnahmen führten zur "Magnatenverschwörung" von 1670. Schon 1664 protestierten die ungarischen Magnaten bei einer Versammlung in Wien gegen den Frieden. In den folgenden Jahren wuchs der Widerstand und der Verschwörung schlossen sich der Fürstprimas und Erzbischof Georg Lippay, der Palatin Wesselenyi, der Hofrichter Franz Nadasdy, der Ban von Kroatioen Peter Zrinyi und viele andere an. Man wollte Unterstützung der Franzosen und der Türken gewinnen. Die Verschwörung wurde schon bald bekannt und ihre führenden Persönlichkeiten Zrinyi. Frangepan und Franz III. Nadasdy wurden verhaftet, Zrinyi und Frangepan im Schloss Kobersdorf im April 1670 bei ihren dortigen Verwandten, den Kéry. Sie wurden in Wr. Neustadt, Nadasdy in Wien enthauptet, ihre Güter konfisziert. Bemerkenswert ist, dass die Verschwörer nicht mehr dem kalvinistischen sondern nunmehr auch dem katholischen Adel angehörten. Die Unzufriedenheit mit der Habsburgerherrschaft aber wuchs weiterhin.

Die Magyaren erhoben sich erneut unter Graf Emmerich Tököly, der seit 1678 an der Spitze des Aufstandes stand. Der Kleinkrieg der "Kuruzzen" gegen die Wiener Zentralmacht sollte Jahrzehnte dauern. Der Reichstag von Ödenburg 1681 sollte die Lage beruhigen, einen Ausgleich zwischen Katholiken und Protestanten schaffen. Paul Esterhazy wurde Palatin, die ungarischen Forderungen im MIlitär-und Steuerwesen bewilligt. Der Erfolg war gering. Tököly schloss 1682 ein Bündnis mit den Türken. Man musste mit einem neuen Großangriff rechnen. Anfang Mai 1683 sammelten sich die österreichischen und ungarischen Truppen auf dem Vierfeld bei Kittsee, 32 400 Kaiserliche und 6000 Mann ungarische Miliz unter Palatin Paul Esterhazy. Am 26. Juni standen die Türken vor Raab. Christoph Batthyany, Nikolaus Draskovich und viele andere huldigten Tököly. Der Hof floh aus Wien nach Linz. Die Städte Ödenburg, Rust und Eisenstadt mussten ihre Tore öffnen und ebenfalls Tököly huldigen. Esterhazy floh von Forchtenstein nach Wr. Neustadt und dann an das kaiserliche Hoflager in Passau. Der Großvesir machte Esterhazy das Angebot, ihn zum König von Ungarn wählen zu lassen. Er lehnte ab, wollte sich aber dafür vom Kaiser mit der Freistadt Eisenstadt und den Ödenburger Stadtdörfern belohnen lassen. Die Dörfer des Palatins waren den Übergriffen der Türken und Kuruzzen besonders ausgesetzt. Von Donnerskirchen aus, wo sie ihr Lager hatten, unternahmen sie die Streifzüge, später vom Lager bei Deutschkreutz. Besonders nach der Niederlage vor Wien schritten sie zu schweren Plünderungen. Anfang Juli 1683 schloss eine riesige Heeresmacht von 40 000 Mann die Stadt Raab ein. General Graf Batthyany ersuchte den Kaiser um Hilfstruppen. Schließlich entschloss auch er sich so wie zuvor schon Draskovich, Nadasdy und Széchy zum Übergang ins türkische Lager. Christoph Batthyany und sein Bruder Adam huldigten Emmerich Tököly und dem Großvesir. Den steirischen Ständen gegenüber versicherte er, dass er diesen Schritt nur zur Schonung seiner Untertanen getan hätte. Die Steirer wiesen den General Herberstein an, ungarischen Boden nicht zu betreten. Die Türken verlangten von Batthyany eine aktive Beteiligung und die Scharen Batthyanys durchstreiften bald die angrenzende Steiermark. Die Steirer ihrerseits griffen nun Rudersdorf, wo sich ein Lager der Kuruzzen befand, Deutsch Kaltenbrunn und Rohrbrunn an und brannten die Dörfer nieder. Nun wurden auch die Bathhyanyschen Besitzungen geplündert. Im September 1683 sammelten sich um St.Gotthard und Güssing türkische Scharen und fielen über Fürstenfeld und Hartberg in die Steiermark ein und verwüsteten das Gebiet von Feistritz bis Vorau. Erst nach der Niederlage vor Wien erstürmte Graf Thurn Neuhaus am Klausenbach, Güssing und St. Gotthard öffneten ihre Tore. An der Entsatzschlacht vor Wien nahm Esterhazy mit seiner Miliz teil. Seine Güter waren verwüstet, die Bevölkerung hatte ungeheures Leid zu erdulden. Was die Türken verschonten holte sich das kaiserliche Regiment Rabatta.

Auf dem Reichstag in Preßburg 1687 anerkannten die ungarischen Stände das Erbrecht der Habsburger auf die ungarische Krone und verzichteten auf ihr Widerstandsrecht. Die Unzufriedenheit war nach der Rückeroberung Ungarns trotz des hohen Einsatzes der kaiserlichen Politik aber keineswegs beseitigt. Dazu trug vor allem die verständnislose und brutale Gegenreformation Wiens bei. Führer eines neuerlichen Aufstandes wurde der Stiefsohn Tökölys und Nachkomme siebenbürgischer Fürsten Franz II. Rákóczy, dem es gelang, aus der Gefangenschaft in Wr. Neustadt zu entkommen. Ihm kam die Unterstützung Frankreichs im Spanischen Erbfolgekrieg zugute. Der 1703 beginnende Kuruzzenrummel machte besonders Westungarn und die angrenzenden Gebiete Niederösterreichs und der Steiermark erneut zum Kriegsschauplatz. Die vom Hofkriegsrat gegen Ende des 17. Jahrhunderts begonnenen Verteidigungsmaßnahmen nützten wenig. Dazu gehörten zwei "Schanzen" - eine zwischen Donau und Neusiedler See und eine zweite von Wolfs am Neusiedler See über Ödenburg nach Forchtenstein. Die Kuruzzen unter ihrem General Alexander Károlyi überschritten im Jänner 1704 die Donau. Károlyi erließ von Ungarisch Altenburg aus einen Aufruf, in dem er den Aufstand rechtfertigte: Die Übergriffe kaiserlicher Söldner und die rücksichtslose Eintreibung von Steuern würden den Kampf um die "alten Rechte des Königreiches Ungarn" erzwingen. Eisenstadt und Rust wurden eingenommen, Ödenburg musste Geldzahlungen leisten. Der kaiserliche General Heister konnte bei Eisenstadt einen kleinen Erfolg erringen, die Stadt aber erst am 22. März zurückerobern. Der Großteil der Kuruzzen war abgezogen. Einige hundert Kuruzzen, die sich bei Breitenbrunn gestellt hatten, wurden niedergemetzelt. Eisenstadt erhielt eine kaiserliche Besatzung. 1704 wurde Neudörfl ausgeplündert, im Sommer St.Margarethen und Rohrabach angezündet. Von Forchtenstein aus wandten sie sich erneut nach Neudörfl und beunruhigten Wr. Neustadt. Zwischen 1706 und 1708 wurde besonders Mattersburg schwer heimgesucht.1707 konnten 2000 Kuruzzen zurückgeschlagen werden, 1708 mussten 4000 Kuruzzen erneut abziehen. Vor allem die Wiener Neustädter wurden durch die Kuruzzen schwer geschädigt. Sie trafen mit dem Kuruzzenführer Bezerédy eine Vereinbarung, die ihnen gegen eine entstrechende Zahlung eine ungehinderte Weinlese ermöglichte. Die steirischen Stände boten im Viertel Vorau das allgemeine Landesaufgebot zur Verteidigung der Grenze auf. Der Hofkriegsrat befahl den Einmarsch in Ungarn. Bei Mogersdorf erlitten sie unter Graf Rabatta eine schwere Schlappe gegen die Kuruzzen. In der Folgezeit kam es immer wieder zu Überfällen über die Grenze, Brandschatzungen und Zerstörungen, wobei immer die Bauern auf beiden Seiten die Leittragenden waren.

Vorübergehend mussten die Kuruzzen vor General Heister Westungarn räumen, kehrten aber 1705 gestärkt zurück. Von Stützpunkten im burgenländisch - westungarischen Raum trugen sie ihre Angriffe in kleinen Gruppen überraschend vor. Rákóczy betraute Johann Bottyán, der "blinde Bottyán" genannt, mit der Wiedereroberung Westungarns. Er wurde von General Anton Esterhazy, von Bezerédy und Gregor Kiss (Kisgergel) unterstützt. Sie konzentrierten ihre Aktionen im Raume Großpetersdorf und Güns und griffen die Festungen und Dörfer der Batthyany an. Batthyany forderte kaiserliche Besatzungen für Schlaining, Bernstein und Neuhaus an. Die Bevölkerung wurde, sobald man sie der Zusammenarbeit mit den Deutschen verdächtigte, drangsaliert. Die Dörfer der Oberen Wart, Ober- und Unterwart, Kemeten und Jabing machten mit den Kuruzzen gemeinsame Sache. Neben den Kuruzzen errichteten aber auch die Truppen des Generals Heister ein Schreckensregiment, wogegen die Erdödy und Batthyany bei den Steirern energisch protestierten. 1706 und 1707 fielen dem Kleinkrieg zahlreiche Dörfer zum Opfer. Es gelang den Kuruzzen, vor allem den geschickt agierenden Graf Michael Csáky, Generalfeldwachtmeister, in der Bevölkerung aber auch vereinzelt Verständnis für ihre Ziele zu wecken. 1708 und 1709 übernahm Graf Anton Esterhazy den Befehl über die Kuruzzen. Es wurden bewaffnete Einfälle in die Steiermark unternommen, die von den Steirern mit ebensolcher Härte beantwortet wurden. Betroffen waren die burgenländischen Siedlungen diesseits der Grenze.

Der "Kuruzzenrummel" endete erst mit dem Sieg Heisters bei Trentschin am 4. August 1708. Freilich dauerte die Beunruhigung noch zwei weitere Jahre an. Der Friede von Szatmár 1711 beendete dann den Rákóczy - Aufstand endgültig und es konnte endlich eine lange Friedensperiode einsetzen. Ungarn behielt seine alten Verfassungs- und Verwaltungselemente, die Komitate waren weiterhin wichtig, die Macht des Adels war ungebrochen. Das unterschied Ungarn von den Ländern im Reich, in denen der landesfürstliche Absolutismus sich immer mehr durchsetzte. An die Stelle des alten Adels waren die neuen, katholischen Magnatengeschlechter getreten, die habsburgtreu waren und enge Beziehungen zur Wiener Politik und Hofkultur hatten.

Entscheidende Faktoren in der geschichtlichen Entwicklung Westungarns wurden die großen Magnatenfamilien, die Erdödy in Eberau, die Batthyany in Güssing, die Nadasdy in Sárvár und Lockenhaus und vor allem die Esterhazy in Forchtenstein und Eisenstadt. Nur wenige Gebiete konnten sich ihrer Herrschaft entziehen - die königliche Freistadt Ödenburg, die ihrerseits ein Herrschaftsterritorium aufbaute, und die "neuen" Freistädte Eisenstadt und Rust, denen es gelang, sich freizukaufen.

Die Bedeutung der Erdödy ging auf Thomas Bakócz, Erzbischof von Gran, Fürstprimas und Kanzler König Wladislaws II. zurück. Neben vielen anderen Gütern erwarb er in Wesungarn 1496 von den Ellerbachern die Herrschaften Eberau, Rotenturm, Weppendorf (Vép) und Körmend.1517 wurde ihm gestattet, seine Besitzungen an seine Verwandten zu vererben. Sein Neffe und Erbe Peter nahm den Geschlechternamen Erdödy an.1551 wurde Peters Tochter Anna in Sohnesrechten eingesetzt. Ihr Sohn Peter II. tauschte aber die westungarischen Herrschaften gegen eine kroatische Herrschaft des Nikolaus Zrinyi. Erst 1613 konnten die Erdödy diese Herrschaften wieder gewinnen.1728 entstanden zwei Linien, die Eberauer und die Rotenturmer. Später entstand eine eigene Herrschaft Kohfidisch. Die Erdödy siedelten in ihren Herrschaften Kroaten an und sie waren eines der ganz wenigen Magnatengeschlechter, die katholisch blieben. Nur unter den Zrinyi konnten lutherische Einflüsse Fuß fassen, das Paulinerkloster in Eberau wurde zerstört.

Die Batthyany , Franz und Christoph, wurden 1524 von König Ludwig II. nach dem Tod Lorenz Ujlaqkys mit Burg und Herrschaft Güssing belehnt. Balthasar I. war ein Anhänger Matthias Corvinus, Obergespan von Eisenburg und Burghauptmann von Güns. Die Batthyany besaßen ausgedehnte Besitzungen in Kroatien und Slawonien. In der Folgezeit, nach der Belehnung mit Güssing, brachten sie Bernstein, Schlaining, Rechnitz, Gerersdorf und Neuhaus am Klausenbach in ihre Hand. Ihr Aufstieg wurde begünstigt, als Franz I. dem Habsburger Ferdinand auf den ungarischen Thron verhalf. Die Batthyany teilten ihre Besitzungen in vier "Gebiete", wobei das "Deutsche Gebiet", etwa das Gebiet der früheren Herrschaft Güssing, 33 Ortschaften umfasste. Franz I. war auch Banus von Kroatien und Slawonien und ließ nach 1532 kroatische Bauern in seine nach dem Türkenzug verwüsteten Orte umsiedeln. Franz I. war noch katholisch, sein Großneffe Balthasar III., ein erfolgreicher Türkenkämpfer und Bannerherr, wurde zu einem eifrigen Unterstützer des Protestantismus, Güssing wurde ein Zentrum des Kalvinismus. Balthasar III. erhielt die Herrschaft Körmend verpfändet. 1608 heiratete er Eva Poppel Gräfin Lobkowitz und kam so in den Besitz der Herrschaften Rakitsan, Neuhaus am Klausenbach, der ehemaligen Stiftsherrschaft St. Gotthard usw. Damit war das gesamte heutige Südburgenland mit Ausnahme der Erdödy-Herrschaften in der Hand der Bathyany. Später wurden noch einige Kleinadelsbesitzungen wie Tatzmannsdorf, Sulz und Güter steirischer Adeliger wie die der Freiherrn von Rindsmaul oder der Freiherrn Naringer in Pinkafeld erworben. Während des Bocskai - Aufstandes war Franz II. kaisertreu, seine Dörfer wurden von den Heiducken verwüstet. Als Entschädigung bekam er die Herrschaft Körmend als Eigentum. Im Bethlenkrieg hingegen stand Franz II. auf der Seite der Aufständischen und suchte das südliche Wiener Becken heim. Der Grund für diesen Seitenwechsel war die kompromisslose Rekatholisierung durch Ferdinand II. Seine Festungen Schlaining, Rechnitz und Körmend wurden vorübergehend von den Habsburgern besetzt. Adam I. trat 1630 unter dem Einfluss seiner Gemahlin, der Hofdame Aurora Katharina Formentini und des Kardinals Pazmany zum Katholizismus über. Er ließ das Augustiner- Eremitenkloster in Güssing wieder errichten und übergab es 1648 den Franziskanern. Er wurde in den erblichen Reichsgrafenstand erhoben. Von den Königsbergern kaufte er die Herrschaft Bernstein. Unter Adam begannen die verhängnisvollen Teilungen der Batthyany-Besitzungen. 1662 entstanden zwei Linien, nur die Festung Güssing blieb ungeteilter Familienbesitz. Christoph II. wurde der Begründer der älteren fürstlichen Linie mit Sitz in Körmend und Rechnitz, Paul I. der Begründer der jüngeren gräflichen Linie mit Sitz in Bernstein und Pinkafeld. Angehörige der Familie schlossen sich Tököly an, erhielten aber vin Leopold I. Amnestie. Christophs Sohn Adam II. heiratete Eleonore Gräfin Strattmann und erwarb damit weitere ausgedehnte Güter. Karl Batthyany, ein Sohn Adams, war Erzieher des Kronprinzen Josef (später Kaiser) . 1763 wurde er in den Fürstenstand und 1764 in den Reichsfürstenstand erhoben. Mit der Errichtung des Majorates versuchte er eine weitere Zersplitterung der Linie Batthyany-Strattmann zu verhindern. Die jüngere Linie hingegen teilte weiter, bis 1732. Die Bauern geriten in den kleinen, kaum lebensfähigen Herrschaften unter starken Abgaben- und Robotdruck, Die Folge waren Erhebungen der Bauern. 1864 wurde Bernstein, 1912 Schlaining verkauft, Rechnitz kam an den Großindustriellen Thyssen. Teile der Herrschaft Güssing gingen durch Einheiratung an die Grafen Draskovich über. Die ältere Linie starb aus, Kaiser Franz Josef übertrug ihre Besitzungen an Ladislaus Bathhyany, den berühmten Augenarzt, von der jüngeren Linie.

Die Nadasdy kamen mit der Heirat von Thomas Nadasdy mit Ursula, der Kanizsai - Erbtochter im Jahre 1535 zu Macht und Einfluss. Thomas Nadasdy war Ratgeber König Ludwigs II., Unterstützer Ferdinands, wechselte aber dann vorübergehend zu Zapolyai und ließ sich schließlich von Ferdinand die Kanizsai-Güter bestätigen und 1554 zum Palatin ernennen. Er brachte aus seinen südlichen Besitzungen kroatische Siedler nach Westungarn. Er und auch seine Nachfolger waren überzeugte Protestanten, mit der Manlius-Druckerei in Deutschkreutz bekamen die Evangelischen einen starken Rückhalt. Nach dem Religionsgespräch von Tschapring 1591 stellte sich Nadasdy auf die Seite der Lutheraner. Franz II. Nadasdy, als "Schwarzer Beg" bekannt, wurde ein bedeutender Heerführer gegen die Türken. Paul Nadasdy, der Sohn der berüchtigten Elisabeth Bathory, schloss sich Bethlen an, nach dem Scheitern der Erhebung aber wieder dem Wiener Hof und wurde in den Grafenstand erhoben. Franz III. Nadasdy stieg zu höchsten Würden im Königreich auf (Obersthofmeister, Landesrichter). 1643 trat er auf Drängen seines Schwagers Paul I: Esterhazy zum Katholizismus über und begann mit der Gegenreformation in seinen Herrschaften. In Lockenhaus und Loretto ließ er Kirchen und Klöster errichten. In seinem grenzenlosen Ehrgeiz strebte er nach der Palatinswürde und stellte sich an die Spitze der Magnatenverschwörung. 1671 wurde er in Wien enthauptet, seine Güter konfisziert. Sie gingen fast zur Gänze an die Esterhazy über.

Der Ursprung der Esterhazy ist nicht vollständig geklärt. Die Nachkommen eines Peter nannten sich bis 1584 Zerházy. Franz Esterhazy war mit Sophie Illyésházy , der Tochter des Palatins Stefan Illésházy, verheiratet. Von den drei Söhnen wurden drei Linien begründet, von denen die des Nikolaus als Begründer der Forchtensteiner Linie für das burgenländische Gebiet am wichtigsten wurde. Er wurde von den Jesuiten in Tyrnau erzogen und konvertierte mit 19 Jahren zum Katholizismus. Das trug ihm die Gunst des Wiener Hofes und des Erzbischofs Khlesl ein. Unter Franz Mágoczy, einem Verwandten und Befehlshaber von Oberungarn, diente es im Türkenkampf. 1612 heiratete Nikolaus Esterhazy dessen Witwe und wurde damit Herr von Landsee. Er überredete sie zur Konversion und begann mit Hilfe der Jesuiten die Gegenreformation. Unter Ferdinand II. erfolgte der weitere Aufstieg des Hauses. Nikolaus Esterhazy war am Frieden mit Bethlen 1621 maßgebend beteiligt, trat die Herrschaft Munkács ab und bekam dafür die Grafschaft Forchtenstein und die Herrschaft Eisenstadt übertragen, wurde Hofrichter und Generalkapitän von Neuhäusl. Fünf Jahre nach dem Tod seiner Frau vermählte sich Nikolaus mit der reichen Witwe Emmerich Thurzós. 1625 wurde er am Ödenburger Reichstag zum Palatin des Königreiches Ungarn gewählt. 1626 wurde er kurz nach der "Reinkorporation" der Grafschaft Forchtenstein mit dem Titel "comes in Frachno aliter Forchtenstain" in den erblichen Grafenstand erhoben. Er begann mit der Enteignung der österreichischen Herrschaftsinhaber. 1645 vermittelte er in Linz den Frieden mit Rákoczy. Ein schwerer Rückschlag der Esterhazyschen Familienpolitik brachte das Jahr 1652, in dem der Sohn Nikolaus Esterhazys, Ladislaus, zusammen mit drei anderen Angehörigen der Familie in der Schlacht von Nagyvezekény gegen die Türken fiel. Das Erbe traten seine Brüder Paul und Franz an. Paul wurde der Begründer der fürstlichen, Franz der gräflichen Linie der Esterhazy. Paul I. (1652-1713) erreichte in seiner langen Regierungszeit den Höhepunkt der Macht des Hauses Esterhazy. Nach langen Verhandlungen ließ ihn Kaiser Leopold 1681 auf dem Ödenburger Landtag zum Palatin wählen. Der Türkenzug von 1683 brachte schwere Verwüstungen in den Herrschaften Pauls, der das Angebot seines Schwagers Tököly, die ungarische Krone anzunehmen, ablehnte. Die nächste große Erwerbung war die der Herrschaft Kobersdorf, die er nach und Nach von den Erben Kerys kaufte. 1687 wurde Paul in den Reichsfürstenstand erhoben. Durch die Errichtung des Majorates gelang es, Teilungen des Besitzes zu verhindern. Es wurde der Esterhazy-Familien-Fideikommiss errichtet. 1713 starb Paul an den Folgen der Pest. Sein Sohn Josef vereinigte nochmals alle Güter, nach seinem Tod wurde dessen Sohn Paul Anton Majoratsherr. Unter Paul und Paul Anton blühte die Barockkultur am Esterhazy - Hof, ab 1761 mit Josef Haydn an der Spitze des Hoforchesters.

Zu Beginn des 18. jahrhunderts wurde die Verwaltung neu organisiert, mit der Einrichtung von Präfektoraten. Unter Nikolaus III. dem "Prächtigen" entfaltete das Haus noch einmal seine Macht, seinen Prunk, etwa mit dem Bau des Schlosses Esterhaza um den Preis einer hohen Verschuldung. In der Folgezeit wurden weite Güter in Eigenbewirtschaftung übernommen, nicht immer mit wirtschaftlichem Erfolg. Zu Beginn des 19. Jahrhunderts gehörten zum Majorat neben der gefürsteten Grafschaft Edelstetten in Bayern und den beiden österreichischen Herrschaften Schwarzenbach und Pottendorf in Ungarn 30 Herrschaften mit 750 Ortsschaften.

Der Macht der Esterhazy und der Batthyany verdankte die katholische Kirche die Erneuerung und die erfolgreiche Gegenreformation. Reformatorisches Gedankengut drang schon sehr früh, nur wenige Jahre nach Luthers Thesenanschlag, auch in Westungarn ein und fand vor allem in den Städten, in Preßburg, Ödenburg, Güns rasche und begeisterte Aufnahme. Auch in Westungarn war die katholische Kirche in der Krise. Nach Mohacs blieb die Diözese Raab lange Zeit verwaist, viele Priester getötet oder geflohen. Es waren anscheinend Kaufleute, die die reformatorischen Schriften verbreiteten. In Güssing und Deutschkreutz förderten die Batthyany und Nadasdy die Buchdruckerei des Hans Mennel. Ein Zentrum des neuen Glaubens im Südburgenland wurde nach dem Übertritt der Batthyany ihr Herrschaftssitz Güssing , mit Stefan Beythe Sitz eines kalvinistischen Superintendenten. Ganz im Norden, in der Herrschaft Ungarisch Altenburg, wurde die Königinwitwe Maria schon früh eine Förderin des Protestantismus. Sie und auch Hochadelige schickten begabte junge Leute zum Studium an die evangelischen Universitäten.

Nahezu alle Herrschaftsinhaber wandten sich dem evangelischen Glauben zu: die Puchheimer in der Herrschaft Kittsee, die Weispriach in Eisenstadt, Forchtenstein und Kobersdorf und dann auch Landsee, die Königsberger in Bernstein, die Nadasdy in Lockenhaus und Deutschkreutz, die Csóron in Kobersdorf und die Stadt Ödenburg, die in ihren Stadtdörfern ebenfalls evangelische Prediger einsetzte. 1569 traten die Batthyany offen zum Protestantismus über. Die Herrschaft Neuhaus am Klausenbach, an die nach der Flucht der Mönche auch die ehemalige Stiftsherrschaft St. Gotthard angeschlossen war, wurde unter den Salm-Neuburg und Poppel - Lobkovitz evangelisch. Zwei Drittel der Dörfer Westungarns und ein Großteil der Bevölkerung waren evangelisch. Es gab nur ganz wenige Gebiete, in denen die katholische Religion unangefochten blieb: in der Stiftsherrschaft Heiligenkreuz, in der Herrschaft Hornstein (mit Ausnahme von Pöttelsdorf), und die Erdödy-Herrschaften Eberau und Rotenturm. Trotz einiger Bemühungen gelang es nicht, die kroatische Beevölkerung für die Reformation zu gewinnen. Das Luthertum wurde zum "Deutschen Glauben". Aus den benachbarten Ländern kam es zu einer bedeutenden Einwanderung der dort verfolgten Evangelischen nach Westungarn. In Südburgenland waren es Steirer und Kärntner, im Nordburgenland Adelige und Bürger aus Niederösterreich. Viele Adelige erwarben Häuser in den Städten, Freihöfe oder Kleinherrschaften, etwa in Kittsee, Lockenhaus, Pilgersdorf, Schlaining, Pinkafeld, Jormannsdorf, Deutsch Kaltenbrunn usw. Im Norden freilich, unter den Esterhazy, verloren die Evangelischen mit der Enteignung der österreichischen Adeligen diesen Rückhalt.

Die Batthyany wandten sich dem Kalvinismus zu und machten Güssing zu einem Zentrum dieser Richtung. Der Großteil der Menschen aber blieb lutherisch. In vielen Dörfern Westungarns wurden Flacianer, benannt nach Matthias Flacius (Vlasich) Illyricus, als Prediger angestellt. Es waren dies besonders radikale Lutheraner, oft hervorragende Prediger, die zunächst aus Deutschland, dann auch aus den österreichischen Ländern verdrängt worden waren. Besonders Seyfried von Kollonitsch, Hauptmann von Forchtenstein und Eisenstadt, und Christoph von Königsberg förderten die Flacianer. Vereinzelt wurden in Westungarn auch Gruppen von Täufern (Wiedertäufer) als Handwerker ansässig.

Die Gegenreformation wurde zunächst von Bischof Georg Draskovich in Westungarn vorangetrieben. Draskovich nahm als Vertreter der ungarischen Kirche am Konzil von Trient teil. 1578 übernahm er die Diözese Raab. Für den 2. August 1579 berief er eine Diözesansynode nach Steinamanger ein, an der alle Kleriker der Doözese teilnehmen sollten. Ohne Unterstützung durch die weltliche Macht waren die Schwächen der Kirche aber nicht zu beseitigen. Schon unter Kaiser Maximilian II. wurde der Klosterrat eingesetzt, der neben den Klöstern und Pfarren in Österreich auch die in den westungarischen Herrschaften überprüfen sollte. Unter Erzherzog Ernst wurden systematisch in den Herrschaften Ungarisch Altenburg, Eisenstadt und Forchtenstein deutsche katholische Priester eingesetzt, von denen viele aber den Anforderungen nicht entsprachen, sodass viele Dörfer dagegen Widerstand leisteten. Nicht immer waren die Konfessionsgrenzen eindeutig, manche Pfarrer sind nicht zuzuordnen, viele der "katholischen" Pfarrer hatten Konkubinen usw. Dazu kam, dass die Burghauptleute die evangelischen Prädikanten stützten. Auch der Einsatz der Jesuiten, die immer wieder Erfolge meldeten, änderte lange Zeit nichts am Festhalten der Bevölkerung am evangelischen Glauben. "Bekehrungen" waren vielfach nur Scheinbekehrungen, die noch evangelischen Orte boten Rückhalt, etwa Deutschkreutz, Walbersdorf, Kittsee, Ödenburg oder auch Trautmannsdorf. In wenigen Fällen waren die katholischen Priester Persönlichkeiten, die überzeugend genug waren, um die Rückwendung zum Katholizismus auch in den deutschen Gemeinden einzuleiten, etwa Adam von Ankerreut, Pfarrer in Neusiedlam See, oder Dr.Georg Würfel, Dekanatspfarrer in Eisenstadt, der den Kampf gegen Seyfried von Kallonitsch und die von ihm unterstützten Flacianer aufnahm.

1561 wurde der Jesuitenorden von Erzbischof Olah nach Tyrnau gerufen. 1613 kamen Jesuiten von Graz aus in die Herrschaft Eberau und 1617 von Wien aus nach Eisenstadt.Bald darauf setzte Esterhazy Jesuiten aus Tyrnau auch in der Herrschaft Landsee-Lackenbach ein. Mit den Esterhazy, dem Konvertiten Nikolaus und dann vor allem mit dem großen Marienverehrer Paul I. und dessen erfolgreicher Hausmachtpolitik trat der entscheidende Faktor in der Rekatholisierung Westungarns auf. Ein schwerer Schlag für die Evangelischen war der Übertritt Franz III. Nadasdys und damit der Verlust der evangelischen Zentren Deutschkreutz und Sárvár. Im Süden des Landes, in den Herrschaften der Batthyany, konnten sich die Evangelischen noch länger halten. Die Gegensätze zwischen den kalvinistischen Familienmitgliedern und den lutherisch gesinnten Frauen spielten dabei keine große Rolle. Die Kalvinisten konnten sich in den deutschen Gemeinden nicht durchsetzen. Erst mit dem Übertritt Adam Batthyanys 1630 zur katholischen Kirche trat eine Wende ein. 1532 wurden im großen Maßstab Jesuitenmissionen durchgeführt. Adam Batthyany ließ alle evangelischen Prediger ausweisen, nicht immer mit Erfolg. In den Batthyanyherrschaften wurde die Rekatholisierung jedenfalls nicht mit der Vehemenz durchgeführt wie unter den Esterhazy. So konnten sich viele Evangelische als "Geheimprotestanten" behaupten, bis in das Zeitalter der Toleranz, um dann wieder evangelische Gemeinden zu gründen.

Den Höhepunkt erreichte das Vorgehen gegen den Protestantismus mit mit der Niederschlagung der "Magnatenverschwörung", die völlig zu Unrecht zu Anklagen gegen die Evangelischen führte. Der Preßburger Sondergerichtshof verurteilte evangelische Pfarrer und Lehrer zu schwerer Zwangsarbeit und sogar trotz der Empörung im ganzen evangelischen Europa zur Deportation als Gallerensträflinge. Der Ödenburger Reichstag von 1681 beendete die "Trauerdekade" und brachte einige Erleichterung, als in wenigen Orten die Artikularkirchen gestattet wurden (Ödenburg, Nemeskér, Nemescsó-Tschobing).

In der zweiten Hälfte des 17.Jahrhunderts war die Gegenreformation weitgehend abgeschlossen, wenn auch die Visitationsberichte noch immer von vielen wenig überzeugten Katholiken berichten. Die Menschen mussten erst gewonnen werden. Dazu trugen die Erneuerung des Ordenswesens der Franziskaner, Serviten, Zisterzienser, Pauliner, Augustinerinnen in Eisenstadt, usw., der Ausbau der intensiven Marienverehrung und die Wallfahrten.