Die "Magnatenverschwörung" wurde zum Vorwand genommen, um gegen die Evangelischen mit größter Brutalität vorzugehen. In der evangelischen Geschichtsschreibung werden die Jahre von 1772 bis 1781 das "Trauerjahzehnt" genannt. Kaiserliche Söldner drangsalierten die Bevölkerung, Pfarrer und Lehrer wurden vertrieben, die Kirchen aufgebrochen. Der Propst von Vasvar, Peter Tormási etwa zog mit 200 Söldnern von Dorf zu Dorf, um die evangelischen Gemeinden endgültig zu vernichten. Das Sondergericht in Preßburg eröffnete den Prozess gegen jeden Pfarrer und Lehrer, den man erwischen konnte. Nur wer einen Revers unterschrieb wurde freigelassen und musste das Land verlassen. Diejenigen, die dazu nicht bereit waren, wurden in den Kerker geworfen, gefoltert, zur Zwangsarbeit getrieben und schließlich als Galeerensklaven nach Neapel verkauft. Diejenigen, die noch am Leben waren, wurden 1675 vom holländischen Admiral De Reyter befreit.
Der Landtag von Ödenburg im Jahre 1681 hat wesentlich dazu beigetragen, dass sich trotz der Gegenreformation und trotz eines Jahrhunderts der Unterdrückung der Evangelischen Reste des Protestantismus halten konnten. Auf dem Landtag bekamen einzelne Gemeinden die Erlaubnis, einen Prediger anzustellen, Gottesdienste zu halten und eine evangelische Schule zu betreiben, Diese Gemeinden wurden im 25. Artikel der Ödenburger Landtagsbeschlüsse aufgezählt und werden daher "Artikulargemeinden" genannt.
Am 21. Juni 1681 reichten die protestantischen Stände ihre Beschwerden ein. Ihre Religionsfreiheit war zwar durch die Gesetzte des Landes und durch das Krönungsdiplom Leopolds I. gesichert. Sie machten aber geltend, dass ihnen trotzdem 888 Kirchen, unzählige Schulen und Kirchenvermögen weggenommen worden war und dass man eine große Anzahl von Pfarrern und Lehrern entlassen, des Landes verwiesen oder gar auf die Galeeren verschleppt habe. Adelige und Bauern habe man gefesselt mit Gewalt zum Verschlucken der Hostie gezwungen, Adelige habe man aus dem Amt entlassen, Bürger aus den Zünften ausgeschlossen und ihres Eigentums beraubt. Die katholische Mehrheit verweigerte aber jede Diskussion über Religionsangelegenheiten auf dem Landtag. In ihrer "Antwort" auf die Beschwerden entgegneten sie, dass es rechtlich sei, die ehemals römisch - katholischen Einrichtungen mit Gewalt zurück zu nehmen. Die Religionsfreiheit für die Protestanten im Wr. Frieden sei außerdem nur zugesichert, wenn die römisch - katholische Kirche keine Benachteiligung erfahre. Die katholischen Gutsherrn dürfen über die Kirchengebäude frei verfügen. Die katholischen Stände verlangten ihrerseits Entschädigungen für Übergriffe protestantischer Aufständischer.
Der Landtag dauerte vom 24. Mai bis 30 Dezember 1681. Von den Teilnehmern am Landtag stellten 145 Delegierte die Komitate und Freistädte, 76 der Adel und 18 waren katholische Bischöfe. Nur ein Fünftel der Delegierten war evangelisch. Dieser Minderheit war durchaus klar, dass es um die Existenz ihrer Glaubensgemeinschaft ging. Dementsprechend hartnäckig verhandelten sie. Die katholische Mehrheit war anfangs nicht bereit, auch nur die kleinsten Zugeständnisse zu machen. Die Kirchenfürsten verzögerten die Verhandlungen. Wiederholt stand der Landtag am Rande der Auflösung. König Leopold ging auf die Beschwerden der Evangelischen nicht ein und ermahnte diese, sich mit dem katholischen Klerus zu versöhnen. Als aber Thököly daraufhin die Friedensgespräche abbrach und seine Truppen vorrückten sah sich Leopold doch genötigt, einige Zugeständnisse zu machen, die in den Artikeln 24 und 26 der Landtagsbeschlüsse festgelegt wurden. Am 29. Dezember wurden schließlich 82 Artikel gelesen und beschlossen, darunter auch die Regelung der Religionsfrage. Dagegen protestierten die evangelischen Stände vergeblich. Artikel 25 betonte die bevorzugte Stellung der katholischen Kirche, sicherte aber prinzipiell die Religionsfreiheit unter Berufung auf die Friedensbestimmungen und die Religionsgesetze von 1606 und 1608 zu, allerdings mit dem entscheidenden Zusatz, dass die Rechte der Grundherrn entscheidend sind. Evangelischen Pfarrern und Lehrern, die ins Exil getrieben worden waren, wurde die Rückkehr erlaubt. Evangelische wurden zu allen öffentlichen Ämtern zugelassen. In Zukunft sollte niemand in seiner Religionsausübung gestört oder zur Teilnahme an den Zeremonien einer Kirche gezwungen werden. Artikel 26 zählte die Kirchen auf, in denen evangelischer Gottesdienst erlaubt war. Ödenburg erhielt in einem Absatz des Artikels eine Sonderregelung. Artikularorte waren im Komitat Ödenburg Nemeskér, im Eisenburger Komitat Nemescso (Tschobing) bei Güns, wo auch in deutscher Sprache gepredigt wurde. Die Kirche in Nemescsó war für das Überleben der Evangelischen im Bereich des heutigen Südburgenlandes überaus wichtig. Die Reformierten in Oberwart mussten zwar ihre Kirche abgeben, durften aber evangelische Gottesdienste abhalten. Dies erfolgte zunächst in einer angemieteten Scheune, aber schon bald begann man - trotz der miserablen wirtschaftlichen Situation - mit dem Bau eines Oratoriums aus Holz und eines Pfarrhauses. Zahlreiche Spendender Gläubigen, die sich auch aus der weiteren Umgebung in Oberwart versammelten, machten dann 1770 bis 1772 den Bau der Kirche möglich. 1819 wurde der Turm gebaut.
In der Praxis brachten die Bestimmungen des Ödenburger Landtages für die Evangelischen kaum Vorteile. Die Verfolgungen gingen weiter, vor allem nach den großen Siegen über die Türken. 1687 mussten die Stände auf dem Preßburger Landtag auf die freie Königswahl zugunsten der Habsburger verzichten und ebenso auf das Widerstandsrecht, das in der Goldenen Bulle König Andreas II. von 1222 verbrieft war. Die Protestanten hätten, so wurde erklärt, die Zusagen des Ödenburger Landtages verwirkt, doch würde sie der König "aus Gnade und MIldeeinstweilen noch" aufrecht erhalten. Die Evangelischen mussten sich auch diesem Beschluss, der die ihnen zugesicherten Rechte in einen bloßen Gnadenakt verwandelte, ebenfalls beugen. Nach weiteren gewaltsamen Übergriffen wandten sie sich an den König. 1691 erließ dieser die "Explanatio Leopoldina", in der die Gesetze von 1681 "erklärt" wurden. Jede evangelische Kirchlichkeit wurde streng auf die Artikularorte begrenzt. Die Explanatio gestattete aber immerhin den privaten Kultus, das Lesen von Erbauungsbüchern im engsten Familienkreis. Die Teilnahme von Nachbarn und Freunden an diesen Andachten war verboten. Taufen, Beerdigungen, Predigt und Abendmahl konnten in den Artikularorten in Anspruch genommen werden, nachdem die Gebühren dafür dem katholischen Priester am Wohnort bezahlt worden waren. Auch der Zehent musste nach wie vor an die katholische Kirche bezahlt werden.
Nach der "Exlanatio" kam es zu weiteren schweren Übergriffen katholischer Würdenträger, etwa in Bartfeld. Reformierte Bischöfe wie Sámuel Hódosi und Geistliche wurden vom Erzbischof von Gran eingekerkert. Ab 1701 wurde in den von den Türken zurückeroberten Gebieten nur mehr die katholische Kirche erlaubt. Die aus der katholischen Kirche zum Protestantismus Übergetretenen wurden als "Eidbrüchige" angeklagt. Die fortgesetzte Gegenreformation und die Unterdrückung Ungarns durch Militär, Beamtenschaft und Steuern löste den Aufstand des Franz II. Rákóczy aus. Im Frieden von Szatmar 1711 wurde die Kultusfreiheit neuerlich zugestanden, in der Praxis aber weitgehend eingeschränkt. Kaiser Karl VI. (König Karl III.) ließ die "Explanatio" strengstens exekutieren. Der Labdtag von 1714/15 brachte weitere Nachteile für die Evangelischen. Beschwerden durften nur mehr im eigenen Namen und nur mehr dem König vorgelegt werden, nicht aber auf den Landtagen. Synoden und Versammlungen mussten vom König genehmigt werden. Die Durchführung von Sammlungen wurde verboten. 1731 erließ König Karl die "Carolina Resolutio", die den Spielraum für die Evangelischen weiterhin einschränkte, unter anderem durch den "Dekretaleid", der für alle Beamte und auch für die Amtsorgane der Städte einen Eid auf die "gottgebärende Maria und auf alle Heiligen" vorsah. Damit wurde die Übernahme eines Amtes durch die Evangelischen unmöglich gemacht. Übertritte zum Protestantismus wurden unter schwere Strafen gestellt. Die evangelischen Geistlichen unterstanden in dogmatischer Hinsicht den katholischen Archidiakonen, die sie zu prüfen hatten, ob sie die "richtigen Kenntnisse" über die Taufe hatten. Diese Prüfungen waren nicht selten schikanös. Eheprozesse mussten vor den römisch-katholischen kirchlichen Gerichtshöfen geführt werden. Für die Schließung gemischter Ehen waren ausschließlich katholische Geistliche zuständig. Bei Mischehen wurden Ehereverse erzwungen, die zur ausschließlich katholischen Taufe und Erziehung verpflichteten. Das Problem der Mischehen und der Kindererziehung führte häufig zur Einmischung des katholischen Klerus und zu Druckausübung in den Familien. Die Protestanten mussten die katholischen Feste mitfeiern, die evangelischen Mitglieder der Zünfte mussten an den Prozessionen teilnehmen. Willkürlich von den Grundherrn erzwungene Übertritte der Bauern in die katholische Kirche sollte nur mit Einwilligung des Königs gültig sein.
In der zweiten Resolutio Carolina von 1734 genehmigte der König je vier Kirchendistrikte für die beiden evangelischen Konfessionen. 1735 wurde die Distriktseinteilung vorgenommen. Westungarn, das heutige Burgenland, gehörte zum Transdanubischen Distrikt. An der Spitze des Distrikts stand ein Bischof, ihm zur Seite ein Distriktsinspektor. Die Kirchendistrikte setzten sich aus Senioraten zusammen, mit einem aus dem Kreis der Pfarrer gewählten Senior, und einem Senioratsinspektor. Die Kirchenvisitationen der evangelischen Bischöfe wurden aber unter Maria Theresia noch stark behindert.
Der Geist der Intoleranz wurde in der Zeit Karls und Maria Theresias kaum gezügelt. Den Evangelischen wurden weiterhin Kirchen und Schulen weggenommen. Nur langsam sahen wenige katholische Würdenträger ein, dass die gewaltsamen Methoden der Rekatholisierung nicht zum Ziel führten. Sie wurden in der Zeit Maria Theresias durch feineres und durchdachtes Vorgehen ersetzt. Man spricht von der "stillen Gegenreformation", die aber weit wirksamer war. Es wurden viele neue katholische Pfarren gegründet, größere wurden geteilt, die Grundherrn zur Unterstützung der Kirchen gedrängt, die Pfarrerausbildung gefördert. Besonders wirkungsvoll war die Ansiedlung des Piaristenordens im Jahre 1715 in Ungarn. In dessen Schulen, die die älteren und in ihren Methoden vielfach rückständigen Jesuitenschulen verdrängten, wurde sehr viel für die Festigung des Katholizismus geleistet.
Die Protestanten nannten die Zeit zwischen 1711 und 1781 die "Babylonische Gefangenschaft des ungarischen Protestantismus". Unter Maria Theresia wurden alle Kirchengesetze Karls bestätigt. Religiöse Toleranz war für sie unvorstellbar ("Wir wünschen die Verfolgung nicht, aber die Toleranz auch nicht"). Unter maßgebender Leitung des Graner Erzbischofs Barkóczy wurde eine strenge Zensur eingeführt und die Einfuhr von Büchern verboten. Nur die wichtigsten Glaubensschriften konnten erscheinen: Bibeln, Katechismen, Gesang- und Erbauungsbücher. Auslandsstudien sollten ebenfalls untersagt werden und waren tatsächlich einige Zeit hindurch verboten, ebenso die Anstellung von Theologen, die im Ausland studiert hatten. Man strebte die Schließung der höheren Schulen der Evangelischen an. Zur Bekehrung der "Häretiker" gründete Maria Theresia eigene Kongregationen und ließ Fonds zur Unterstützung von Konvertiten anlegen. Konvertiten wurden in jeder Hinsicht gefördert, Evangelische benachteiligt. Es wurden neue katholische Bistümer geschaffen. Auch die Grundherrn stellten sich vielfach in den Dienst dieser "stillen Gegenreformation", indem sie die Neuanstellung von evangelischen Pfarrern verzögerten oder den Besuch der Artikularorte einzuschränken versuchten.
In der inneren Entwicklung der evangelischen Kirchen tauchten unter dem Einfluss von Strömungen aus Westeuropa erste Bestrebungen auf, die hierarchische Organisation durch eine synodal - presbyteriale Kirchenverfassung unter verstärkter Heranziehung des Laienelements zu ersetzen. Diese Bestrebungen wurden zunächst aber noch zurückgedrängt. Vor allem der Adel wehrte sich gegen Mitspracherechte der Bürger oder gar der Bauern. Johann Tolnai Dali, Schuldirektor in Sarospátak, Pfarrer in Miskolc und Tokai, führte in der reformierten Kirche puritanische Reformen ein. Eine Synode verwarf seine Lehren und enthob ihn seines Amtes. Seine Ideen wirkten aber weiter und setzten sich allmählich durch. In Papa wurde schon 1617 erstmals ein Laienpresbiterium, das die Aufsicht über die Geistlichen, Lehrer, Schule und die Gemeinde hatte, eingesetzt. 1630 wurden im ganzen Distrikt Presbyterien eingeführt, "um über die Sitten zu wachen und den Geistlichen in der Kirchenzucht beizustehen". Auch bei den Lutheranern drang die konsistoriale Idee mit starker Beteiligung des weltlichen Elements durch. Presbyterien und Konsistorien wurden vor allem dort eingeführt, wo die Evangelischen in der Minderheit waren und nicht mehr mit der Unterstützung durch die weltlichen Behörden rechnen konnten. In den Presbyterien sollten vor allem einflussreiche Adelige eingebunden werden und sich für die Anliegen der Kirche einsetzen. Die Lutheraner setzten zunächst zwei Oberkonsistorien, je eines für zwei Kirchendistrikte ein, ab 1720 nur mehr einen "Generalinspektor" (Freiherr von Hellenbach). Dem Generalinspektor stand das Generalkonsistorium zur Seite, das 1774 zu einer ständigen Einrichtung wurde. Auch die Reformierten setzten Oberkuratoren oder Distriktskuratoren ein. Ein Problem war es, die evangelischen Anliegen in den Zentralen geltend zu machen. So schufen die Reformierten seit 1713 die Einrichtung der "Agenten", zunächst in Wien, bei der Hofkanzlei, später auch in Preßburg beim Statthaltereirat. Es waren rechtskundige Personen, die die Interessen der Protestanten vertraten bzw. bei der Durchsetzung von Anliegen halfen. Die Einrichtung bestand bis 1867. Die noch immer vorhandenen Gegensätze, ja Gehässigkeiten zwischen Reformierten und Lutheranern versuchten einige Theologen wie zum Beispiel Péter Alvinczi abzubauen, hatten damit aber keinen Erfolg.
Auslandsstudien fanden weiterhin hauptsächlich in Wittenberg statt, bald gefolgt von Jalle und Jena. In Wittenberg studierten 1693 bis 1744 385 Personen mit ungarländischer Herkunft. 1751 wurden Pässe für Auslandsstudierende verlangt. Diese wurden nur an Adelige vergeben, wobei Maria Theresia persönlich über jedes einzelne Gesuch entschied. 1756 bis 1759 und 1763 bis 1766 waren Auslandsstudien generell verboten. Als Handwerker oder Kaufleute verkleidet fanden trotzdem viele den Weg nach Wittenberg oder Halle.
In der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts wurde der von August Hermann Francke von Halle/Saale ausgehende Pietismus für die ungarländischen Lutheraner sehr wichtig, da von dort entscheidende Impulse für das theologische und kirchliche Leben auch nach Westungarn ausstrahlten. Schon im frühen 18. Jahrhundert fanden die westungarischen Evangelischen die Aufmerksamkeit der Pietisten. Halle wurde neben Wittenberg als Studienort immer wichtiger. Die dortige Hochschule war 1694 mit bedeutenden Lehrern wie Christian Thomasius und Samuel Pufendorff gegründet worden. Neben der pietistischen Erweckungstheologie war die Naturrechtslehre wichtig. Eine neue fortschrittliche Erziehungslehre wurde entwickelt, die sich in den westungarischen Gymnasien besonders segensreich entfaltete. Auch die medizinische Fakultät in Halle hatte einen hervorragenden Ruf. Halle wurde zum Zentrum eines florierenden Druck- und Verlagswesens.
Ein interessanter Nebenaspekt der brandenburgisch - preußischen Unterstützung für den ungarischen Pietismus war die politische Dimension, die aber den Pfarrern und Lehrern damals wohl kaum bewusst war. In der Zeit des österreichisch - preußischen Gegensatzes war der Einfluss Halles willkommen und jede Destabilisierung der habsburgischen Herrschaft durchaus erwünscht.
1707 kam es auf der Synode von Rosenberg allerdings auch schon zu heftigen Auseinandersetzungen zwischen orthodoxen Lutheranern und Pietisten, die die ganze erste Jahrhunderthälfte anhielten. Die Pietisten waren bei weitem produktiver. In Transdanubien entfachten sie eine umfangreiche Erneuerungsbewegung. Von den Ungarn waren Andreas Torkos, Georg und Johann Bárány und Johann Sartorius besonders wichtig. Torkos, Pfarrer in Raab, übersetzte das Neue Testament ins Ungarische. Es erschien 1936 in Wittenberg. Georg Bárány studierte in Halle und gab deutsche und ungarische Erbauungsbücher heraus. Besonders wichtig war die Übersetzung der vier Bücher Arndts vom Wahren Christentum (Jena 1741). Zentrum des Pietismus in Westungarn war Preßburg, wo mit Matthias Bél der bedeutendste Vertreter wirkte. Er war Erzieher in der Familie Franckes und an dessen Schule. 1714 wurde er Schulrektor in Pressburg und 1719 deutscher Pfarrer der dortigen Gemeinde. Er war nicht nur als Prediger, Theologe schriftstellerisch produktiv. Mit seiner "Notitia Hungariae Novae historica-geographica" plante er eine umfangreiche Landeskunde Ungarns. In Druck gingen allerdings nur die ersten vier sorgfältig recherchierten Bände. Am wichtigsten war wohl das Wirken Béls als Schulrektor im pietistischen Geist. Seine Reformen wurden teilweise auch von den Reformierten übernommen. Höhere Schulen der Lutheraner gab es in Preßburg und Ödenburg. 1771 erhielt die Schule in Preßburg einen Lehrstuhl für Theologie.
Die westungarischen Gymnasien profitierten enorm von der aus Halle vermittelten Pädagogik. Allen voran ist hier Matthias Bél zu nennen. Ab 1714 setzte er ein neues Ausbildungsprogramm durch, führte den naturwissenschaftlichen Unterricht ein und legte besonderen Wert auf die Sprachausbildung, auch in der jeweiligen Muttersprache. Die Planung des Unterrichtsstoffes wurde in Lehrplänen schriftlich fixiert, die Entwicklung jedes einzelnen Schülers dokumentiert. Auch arme Schüler wurden aufgenommen. Béls Werk wurde unter Mathias Marth und Friedrich Wilhelm Beer fortgesetzt. In Raab folgten Andreas Torkos und Georg Bárány den Vorbildern aus Halle. In Ödenburg reformierte Rektor Johann Friedel, der allerdings noch in Wittenberg studiert hatte, das Schulprogramm des Gymnasiums. Sein Sohn Georg Daniel Friedel studierte bereits ab 1696 in Halle. Friedels Nachfolger als Rektor war 1712 bis 1741 Johann Christoph Deccard. Neben Latein und Griechisch wurden in Ödenburg auch Deutsch, Ungarisch und Slowakisch unterrichtet. Sowohl in der Zeit Deccards wie in der seines Nachfolgers Daniel Haynóczy gingen zahlreiche Ödenburger Schüler zum Studium nach Halle. Eine lange Reihe von angesehenen Ärzten in Ödenburg und Preßburg erhielten ihre Ausbildung in Halle. In der Zeit Friedels waren sieben Jurastudenten in Halle, davon vier aus Ödenburg und drei aus Rust (Leopold Mann, Feorg Scharff und Georg Christian Türck). Der erste Mediziner aus Ödenburg war Georg Daniel Liebezeit, der nach der Promotion in seine Heimatstadt zurückkehrte. Es folgten Johann Adam Gensel und Johann Jakob Neuhold. Ebenfalls aus Ödenburg kam der berühmte Arzt Andreas Loew, Autor einer Schrift über die MIneralwässer Westungarns. Später, zur Zeit Deccards, studierten Stephan Tatay und Andreas Kleinroth aus Rust Theologie. Aus Güssing kamen Stephan Peltz und Johann Töpler. Medizin studierten Karl Wilhelm Seiler, Karl Friedrich Loew, Adam Molnár, Thomas Degenhard und Andreas von Conrad. In Nemescsó wirkte der Theologe und Pädagoge Johann Szábo - Sartorius, der zwar nicht persönlich in Halle war, aber nach pietistischem Vorbild ein Waisenhaus errichten wollte. F. R. Hodyla aus Sz. Benedek konnte auch Kroatisch und war in Halle besonders willkommen, da man dort bemüht war, Literatur für die westungarischen Kroaten zu schaffen. Mehrere Katechismen wurden in den südslawischen Sprachen herausgegeben. Über das Ödenburger Gymnasium strahlte der pietistische Einfluss bis zu den Serben aus, von denen mehrere in Halle studierten, etwa der serbische Frühaufklärer Johann Rajic.
Ab der Jahrhundertmitte verlagerte sich der Schwerpunkt der Studien, vor allem der Medizin, nach Jena, wo etwa Johann Wilhelm Deccard, Johann Theophil Trogmayer und der Deutschkreutzer Franz Kereszturi und Samuel Bredecky, der dann als Professor am Ödenburger Gymnasium wirkte. studierten. In Altdorf studierten Honorius Wilhelm Kastenholz und Johann Theophil Rothe. Auch der Ruster Zacharias Gottlieb Huszty, Arzt in Preßburg, hilet in seinem Kampf für die Pockenschutzimpfung Kontakt zu Halle.