Das Spätmittelalter ist eindeutig durch eine schwere Agrarkrise geprägt. Ihre Erscheinungsformen sind allerdings keineswegs einheitlich und die Gründe dafür sind nicht einfach zu erkennen, da es sich um ein ganzes Bündel von Faktoren handelt, die nicht voneinander zu trennen sind. Auf den ersten Blick fällt auf, dass eine große Zahl von kleinen Siedlungen aufgegeben wurde, also zu Wüstungen wirden. Bei genauerer Betrachtung fällt aber auf, dass etwa die Weinbaugemeinden weiterhin florieren und ihre Bevölkerung teilweise sogar zunahm.

Ein schwerer Einschnitt in der Bevölkerungsentwicklung war ohne Zweifel die große Pestepidemie von 1348, die sich rasend schnell über ganz Europa ausbreitete. Die Pest wütete in den Städten stärker als auf dem Land. Dafür waren wahrscheinlich die hygienischen Verhältnisse in den Städten verantwortlich. Das Zahlenverhältnis zwischen Stadt- und Landbevölkerung verschob sich. Die Produkte der Bauern konnten in den geschrumpften Städten nicht mehr abgesetzt werden, die in den Städten produzierten Waren wurden unverhältnismäßig teuer. So wanderten viele Dorfbewohner in die Städte ab, wo sie die Bevölkerungslücken füllten. Ganze Dörfer verschwanden auf diese Weise.

Ein weiterer Faktor war die spätmittelalterliche Klimaverschlechterung. Auf das weit wärmere Klima des Hochmittelalters, verbunden mit wachsender Bevölkerung, Siedlungsverdichtung, Erschließung weiter Gebiete im Osten, aber auch in den Bergregionen folgte im 14. Jahrhundert eine Abkühlung um ein bis 2 Grad im Durchschnitt. Der Hühepunkt dieser Entwicklung war um etwa 1400 erreicht. Viele der zuvor erschlossenen Gebiete wurden wieder aufgegeben. Der Weinbau etwa, der im Hochmittelalter das Maximum seiner Ausdehnung erreicht hatte, zog sich in die günstigeren Regionen zurück.

 
Hat man früher in der Forschung diese Klimaverschlechterung lediglich vermutet, so ist heute der Beweis mit naturwissenschaftlichen Methoden - durch Untersuchung von Eisbohrkernen in der Arktis - eindeutig erbracht. Für die Landwirtschaft war diese Klimaverschlechterung mit erhöhten Ernterisiken verbunden. Dies betraf vor allem den Getreideanbau, der zudem unter der schwindenden Konsumentenzahl litt. Die Getreidepreise schwankten stark und fielen langfristig. In Ödenburg etwa blieb der Weizenpreis von der Mitte des 15. bis Mitte des 16. Jahrhunderts annähernd gleich.  Ganz anders die Preise für den Wein in den begünstigten Regionen. Der Marktpreis war nicht so instabil, Wein konnte auch über längere Zeit hinweg gelagert werden. Der Weinpreis stieg seit Beginn des 16. Jahrhunderts deutlich an, wozu auch die Aufgabe des Weinbaues in den ungünstigeren Lagen erheblich beitrug. Es ist also deutlich ein Bevölkerungsrückgang in den Dörfern mit vorherrschendem Getreideanbau und eine Konzentration in den günstig gelegenen Weinbaugemeinden festzustellen, wo durch die Arbeitsintensität des Weinbaues zahlreiche Arbeitskräfte erforderlich waren. In diesen Dörfern entstanden Hofstätten ohne oder nur mit geringem Grundbesitz, in ihnen lebten auch viele Inwohner, gewissermaßen Untermieter in den Bauernhöfen.

Ein weiterer wichtiger Faktor waren die vielen Kriege im 15. Jahrhundert, die Überfälle durch Söldner und Räuberbanden, von denen die kleineren Siedlungen ebenfalls stärker betroffen waren. So ist etwa die Aufgabe des kleinen Klettendorf und die Übersiedlung der Bevölkerung nach Marz erklärbar. Und schließlich kamen noch die Türkenzüge von 1529 und 1532 hinzu, die die Getreidedörfer der Ebenen wohl ebenfalls stärker betrafen, etwa im Seewinkel. Alle diese Faktoren zusammen erklären etwa auch die Bevölkerungsverluste in den Dörfern des Heidebodens, der Wulkaebene und im Ostteil des mittleren Burgenlandes. Eben dort liegen auch die meisten spätmittelalterlichen Wüstungen,  eben dort wurden dann im 16. Jahrhundert die Kroaten angesiedelt.


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