Am 1. August 1664 errangen die kaiserlichen Truppen in der Schlacht von Mogersdorf - St. Gotthard einen bedeutenden Sieg über das osmanische Heer. Die Bedeutung der Schlacht ist in der Forschung umstritten. Nicht zu bezweifeln ist jedoch, dass hier erstmals die lange militärische Überlegenheit des Osmanischen Reiches in Frage gestellt wurde. Der Nimbus der Unbesiegbarkeit der Osmanen war gebrochen. Nach Hammer - Purgstall, dem berühmten österreichischen Orientalisten und Kenner des Osmanischen Reiches, begann damit der großmachtpolitische Niedergang. Die Schlacht von Mogerdorf bedeutete also einen mentalitätsgeschichtlichen Einschnitt. Schon am 10. August wurde in Eisenburg - Vasvár ein Friede auf 20 Jahre geschlossen. Die Osmanen behielten Neuhäusel. Die Habsnurger anerkannten den vom Sultan als Fürst von Siebenbürgen eingesetzten Michael Apafi. Die Verbitterung über diesen unvorteilhaften Frieden war in Ungarn groß und führte zur so genannten Magnatenverschwörung. Nach deren Aufdeckung und der Hinrichtung der Anführer setzte die Wiener Regierung 1671 die ungarische Verfassung außer Kraft. Unter Berufung auf die "Verwirkungstheorie" wurde Ungarn eine Kontribution von 800 000 Gulden auferlegt. Die Steuerlast der Bauern vervielfachte sich dadurch. Sogar der Adel musste zahlen und protestierte 1681 auf dem Ödenburger Landtag dagegen heftig. Kaiser Leopold gab den Protesten teilweise nach und erklärte die 1671 eingeführten Konsumsteuern auf Fleisch und Wein wieder für aufgehoben. Die neuerliche Erhebung der "Kuruzzen" war zu dieser Zeit aber schon im Gang.
Emmerich Thököly, dessen Vater wegen der Teilnahme an der Magnatenverschwörung geächtet worden war, flüchtete nach Siebenbürgen und organisierte von dort aus mit Unterstützung Apafis und der Osmanen ab 1678 den Aufstand der Kuruzzen, In kürzester Zeit schlossen sich die meisten Festungen und Städte Oberungarns - zumeist freiwillig - dem Aufstand an. 1682 ernannte Sultan Mehmed IV. Thököly zum Fürsten der "mittelungarischen", also der unter osmanischer Herrschaft stehenden Gebiete. 1683 zogen die Heere der Osmanen und die Thökölys dann vor Wien. Thököly wurde auch durch viele ungarische Magnaten unterstützt, so etwa auch durch Christoph II. Batthyány, der das Belagerungsheer vor Wien mit Lebensmitteln belieferte.
Nach dem Scheitern der Belagerung Wiens drängten die kaiserlichen Truppen die Osmanen in Ungarn immer mehr zurück.Dem Großvesir gelang es erst bei Raab, die fliehenden Truppen zum Stehen zu bringen. Ein Friedensangebot Wiens wies die Hohe Pforte zurück. Bei Párkány, am linken Donauufer gegenüber Gran, kam es zur Schlacht. Die Osmanen wurden von Erzherzog Karl und Sobieski erneut besiegt, Thököly sah tatenlos zu. Die Osmanen versuchten, über eine Schiffsbrücke zu fliehen, die jedoch zusammenbrach, sodass viele im Fluss ertranken. Die Osmanen zogen aus Gran ab. Sobieski verließ daraufhin über die Zips Ungarn, wobei seine Truppen unterwegs, von Thököly bedrängt, das Land plünderten. Am 25. Dezember 1683 erhielt der Großvezir in Belgrad die "seidene Schnur", er wurde also von Beauftragten des Sultans getötet.
Die Anhänger Thökölys unter den ungarischen Magnaten wechselten erneut die Seite. Christoph II. Batthyany etwa erhielt kaiserlichen Pardon war an der Verfolgung der Osmanen beteiligt und wurde zum Generalkapitän von Transdanubien ernannt. Sein Sohn Adam II. war an der Rückeroberung Grans und 1686 an der Einnahme von Buda/Ofen beteiligt. Er nahm an den Kämpfen vor Kanizsa und Stuhlweißenburg teil und wurde zum General und Oberbefehlshaber an der Grenze um Kanizsa ernannt. 1693 wurde er Banus von Kroatien und Slawonien.
1684 schlossen das Heilige Römische Reich, Polen, Venedig und Russland auf Drängen des Papstes die "Heilige Allianz" gegen die Osmanen. Zu einer echten Zusammenarbeit kam es jedoch nicht. Die Venezianer eroberten den Peloponnes und einige griechische Inseln. Die Hauptlast des Krieges blieb jedoch bei den Habsburgern, die Schritt für Schritt die osmanischen Festungen erobern mussten. Dabei gab es auch mehrere schwere Rückschläge. Das Hauptziel für 1684 war die Rücjeroberung Ofens (Budas). Erzherzog Karl zog mit 40 000 Mann vor die Festung. Er wurde auch von einigen tausend Ungarn aus den Grenzfestungen und den Privatarmeen der Magnaten unter Palatin Paul Esterházy unterstützt. Die Osmanen wurden erneut in der Schlacht von Waitzen (Vác) besiegt und gaben Pest auf. Ein Entsatzheer für Ofen konnte ebenfalls geschlagen und die Festung eingeschlossen werden. Die Belagerung scheiterte aber, die Festung wurde unter Scheitan Ibrahim tapfer verteidigt. Die schlechte Versorgung und Krankheiten dezimierten die Zal der Belagerer. An der Erfoglosigkeit konnte auch das Eintreffen Max Emanuels von Bayern mit 8000 Mann nichts ändern, zumal im Rücken der Belagerer ein großes osmanisches Entsatzheer auftauchte. Die Ungarn verließen, da sie keinen Sold bekamen, das Belagerungsheer und schließlich musste auch ERzherzog Karl aufgeben. Auch auf den anderen Kriegsschauplätzen blieben die Erfolge aus. 1685 sollte zunächst Neuhäusel zurückerobert werden. Ein Entsatzheer konnte in der Schlacht von Tát besiegt werden und anschließend wurde Neuhäusel gestürmt. Der Pascha von Großwardein ließ Thököly gefangen nehmen und die Pfaorte war sogar bereit, ihn für einen Friedensschluss auszuliefern. Thököly liefen inzwischen seine Anhänger davon. Seine Festungen öffneten dem kaiserlichen General Schultz die Tore und selbst Kuruzzengeneräle schoren nun dem Kaiser die Treue. Nur die Burg Munkács wurde noch jahrelang von der Gemahlin Thökölysm Ilona Zrinyi, verteidigt. Thököly diente schließlich nach seiner Freilassung als türkischer Truppenoffizier.
1686 sollte schließlich das lang ersehnte Ziel, die Rückeroberung Ofens, erreicht werden. Nach langem Zögern und Hin und Her konnte Kaiser Leopold schließlich unter dem Einfluss der Geistlichkeit überzeugt werden, den Angriff auf Ofen zu richten. Der Heerzug wurde durch Sonderverhandlungen mit den Kurfürsten vorbereitet. Max Emanuel von Bayern und der "Große Kurfürst" Friedrich Wilhelm von Brandenburg kamen mit großen Kontingenten, ebenso Johann Georg von Sachsen. Aus Franken kamen einige 1000 Mann und Markgraf Karl von Baden - Durlach brachte 4000 Soldaten. Zu den über 24 000 Mann kaiserlicher Truppen unter Ernst Rüdiger Starhemberg kamen über 20 000 Mann aus dem Reich. Dazu fanden sich zahlreiche Freiwillige aus dem Reich, aber auch aus Frankreich, England und Spanien ein. Die Ungarn stellten nur etwa 5000 Mann Fußvolk und etwa 2500 Reiter, waren aber im Türkenkampf erfahren. Die Belagerungsarmee wuchs schließlich auf etwa 75 000 Mann an. Die Verteidigung der Burg leitete der Pascha von Ofen, Abdurrahman. Die Besatzung betrug etwa 10 000 Soldaten. Zwei Sturmangriffe auf die Stadt scheiterten. Der dritte Angriff am 2. September, der unter dem Druck eines türkischen Entsatzheeres unter dem Großvesir erfolgte, war schließlich erfolgreich, freilich unter großen Opfern. Die Bayern, die Brandenburger und die Kaiserlichen hatten zahlreiche Gefallene zu beklagen. Im eroberten Ofen wurden viele Türken, Juden, die die Verteidigung sehr unterstützt hatten, aber auch Christen umgebracht. Für drei Tage wurde die Stadt zur Plünderung freigegeben. Einige tausend Türken und Juden wurden gefangen genommen und später gegen hohe Lösegelder freigelassen.
Am 13. Oktober 1686 erfochten die Verbündeten christlichen Heere bei Zenta einen weiteren bedeutenden Sieg über Großvesir Suleiman. Die Besatzung von Szeged gab auf, ebenso die Burg von Pécs, Siklós wurde erfolgreich belagert, ebnso Kposvár. An die Belagerung der Festung Szigetvár wagte man sich aber nicht. Im Frühjahr 1686 trat der Zar von Russland, Peter, der Heiligen Liga bei. Entscheidend war nun der Besitz der Brücke von Eszék und - als großes Ziel - Belgrad, obwohl in Ungarn noch immer einige Festungen in türkischer Hand waren. 1687 gab es zunächst Probleme mit Kurfürst Max Emanuel von Bayern, der sich nicht unterordnen wollte. Bei Nagyharsány verloren die Osmanen schließlich etwa 12 000 Mann, die vebündeten christlichen Heere machten eine riesige Beute. Später wurde diese Schlacht die "Zweite Schlacht von Mohács" genannt. Der Großvesir zog sich nach Belgrad zurück, die kaiserlichen Truppen und kroatische Verbände - Max Emaniel hatte unzwischen Ungarn verlassen - eroberten Eszek und weitere Festungen an der Donau, darunter auch Petervárad. Apafy, der Fürst von Siebenbürgen, musste einen Vertrag unterschreiben und den deutschen Truppen eine Reihe von Burgen als Winterquartier überlassen. Die seit 1685 isolierte Festung Eger (Erlau) war lange Zeit eingeschlossen und wurde ausgehungert. Die Türken unter Pascha Rustem erhielten schließlich mit 3500 Mann freien Abzug. 300 Türken entschlossen sich, zu bleiben und ließen sich taufen. Auch aus Stuhlweißenburg zog Pascha Achmed mit 4000 Mann im Mai 1688 ab. Munkacs musste ebenfalls aufgeben. Die schweren Niederlagen erschütterten das Osmanische Reich, es kam zu Thronkämpfen. Für den erkrankten Herzog Karl von Lothringen übernahm Max Emanuel den Oberbefehl. Mit einem 40 000 Mann starken Heer - Bayern, Schwaben, Franken und Ungarn - umschloss er die mächtige Festung Belgrad. Ein riesiges osmanisches Entsatzheer wurde geschlagen. Die Festung wurde eingenommen und von den Eroberern ein fürchterliches Blutbad angerichtet. Anschließend wurden die Festungen in Nordbosnien und Nordserbien erobert, ein weiterer Vorstoß bis nach Nisch unterblieb aber wegen der schlechten Wegeverhältnisse und der Nachschubprobleme. Wegen der Angriffe Lidwigs XIV. im Westen wurde schließlich ein Großteil der Truppen aus UNgarn abgezogen. 1690 starb Herzog Karl von Lothringen, der wohl das größte Verdienst um die Rückeroberung Ungarns hatte. Erste Friedenskontakte scheiterten an den überzogenen Forderungen der Polen und Venezianer. 1689 wurde schließlich auch noch Szigetvár erobert. Markgraf Ludwig von Baden fügte den Osmanen mehrere weitere Niederlagen zu. Kaiserliche Truppendrangen bis Skopje vor. 1690 konnte schließlich auch die noch immer türkische Festung Kanizsa, von Truppen unter Adam Batthyány und István Zichy belagert, eingenommen werden.
Ab 1590 mussten die christlichen Heere einige schwere Rückschläge in Kauf nehmen. Der neue Großvesir Fazil Mustafa schuf Ordnung im Osmanischen Reich und stellte eine neue große Armee auf.Unter dem Oberbefehl Imre Thökölys fielen türkisch - tatarisch - walachische und kuruzische Truppen in Siebenbürgen ein. Thököly wurde nach dem Tod Michael Apafis vom Sultan zum Fürsten Siebenbürgens ernannt. Die kaiserlichen Truppen wurden ausmanövriert und mussten eine schwere Niederlage hinnehmen. Teleki fiel, General Heissler geriet in Gefangenschaft. Der Großvesir selbst griff an der Donau an. Er eroberte zunächst Nisch zurück. Dann belagerte er Belgrad, das wenig entschieden verteidigt wurde. Die drei Pulverlager gingen durch Sabotage eines italienischen Genieoffiziers cypriotischer Abstammung in die Luft. Nur wenige Angehörige der Besatzung konnten entkommen. Schon 1690 ging die 1688 eroberte Festung Belgrad wieder verloren.Dem neuen kaiserlichen Oberbefehlshaber Markgraf Ludwig von Baden stand nur einkleines Heer zur Verfügung. Er wandte sich nach Siebenbürgen, wo Thököly inzwischen die Stände zur Huldigung gezwungen hatte. Er musste jedoch bald weichen. Ludwig von Baden ließ als Oberbefehlshaber den sehr tüchtigen General Veterani zurück, der einen neuerlichen Einfall Thökölys zusammen mit dem Tatarenkhan Galga zurückweisen konnte. In der Schlacht von Slankamen (Szalánkemén) stellte Ludwig von Baden schließlich das osmanische Heer. Sie gilt als die blutigste Schlacht der Türkenkriege. 12 000 Türken, unter ihnen auch 18 Paschas und der Großvesir Mustafa Köprülüzade, fielen. Die gesamte türkische Artillerie und die Kriegskasse wurden erbeutet. Auf kaiserlicher Seite waren 3 200 Tote und 4100 Verletzte zu beklagen. Eine Verfolgung der Türken war nicht möglich. Markgraf Ludwig belagerte nun Großwardein (Nagyvárad), das schließlich aufgab. Großvesir Arabadschi Ali verlor seinen Posten. Sein Nachfolger Elhadsch Ali konnte nur ein kleines Heer bei Belgrad versammeln. Auch die kaiserliche Streitmacht war 1692 bescheiden. Der englische König Welhelm von Oranien, der dänische König und der bayerische Kurfürst schickten nur bescheidene Kontingente. Auch Ludwig von Baden wagte keine Schlacht und baute mit Hilfe großer päpstlicher Hilfsgelder Petervarad zu eienr starken Festung aus. Ein neuer Großvesir begann aber mit der Austellung eines großen Heeres. Die Kaiserlichen wagten erneut den Sturm auf Belgrad, wurden aber abgewiesen. Im Kampf gegen ein großes Tatarenheer, das in Siebenbürgen eingefallen war, fiel General Hoffkirchen. Die Tataren richteten im Gebiet des Flusses Berettyó und bis nach Debrecen fürchterliche Verwüstungen an. Einige Generäle Thökölys liefen zu den Kaiserlichen über. Die Belagerung von Petervárad durch die Osmanen musste wegen des schlechten Wetters 1694 abgebrochen werden. Im Jänner 1695 nahmen die Kaiserlichen die Festung Gyula ein. Den Oberbefehl übernahm der neue sächsische Kurfürst Friedrich August (August der Starke) von Sachsen, der auf eigene Kosten 8000 Soldaten nach Ungarn führte. Zusammen mit dänischen und brandenburgischen Truppen, mit Ungarn und Raizen stand ihm ein Heer von 60 000 Mann zur Verfügung. Sein Auftrag war, bei Petervarad gegen das Heer des Sultans vorzugehen und anschließend Temesvar zu erobern. Der Großvesir aber zog erneut nach Siebenbürgen und der sächsische Kurfürst traf einige Fehlentscheidungen. So wurde das kaiserliche Heer in Siebenbürgen bei Lugos geschlagen, General Veterani fiel. Zum letzten Mal konnten die Osmanen in einer offenen Feldschlacht ein derartigen Erfolg erzielen. Nun erst erschien der kaiserliche Oberbefehlshaber in Siebenbürgen.
1695 hatte Sultan Mustafa II. den Thron bestiegen. Sein Ziel war die Rückeroberung Ungarns. 1696 sollte Temesvár, die letzte große Festung auf ungarischem Gebiet, erobert werden. Die Schlacht bei Hetény ging unentschieden aus. Der Sultan ließ einen Teil seiner Truppen in Temesvár zurück und ging wieder nach Belgrad, der Kurfürst erklärte den Feldzug für beendet. Prinz Eugen von Savoyen wurde zu seinem Stellvertreter ernannt. Im Juni 1697 wurde August der Starke zum König von Polen gewählt und damit der Weg frei für einen neuen, fähigeren Oberbefehlshaber, nämöich Eugen von Savoyen. Da im Westen mit dem Frieden von Ryswijk Ruhe ein, die gesandten Ludwigs drängten den Sultan aber weiterhin zum Krieg.
1697 übernahm also Prinz Eugen von Savoyen den Oberbefehl über die kaiserlichen Truppen und schlug die Osmanen bei Zenta vernichtend. Fast 25 000 Türken fanden den Tod, darunter der Großvesir und drei Paschas. Der Sultan floh nach Temesvár. Prinz Eugen überschritt die Save und drang nach Bosnien ein und erreichte Sarajevo, das geplündert wurde. Im Jahre 1698 stellten beide Seiten große Heere ins Feld, aber es kam zu keinen größeren Kampfhandlungen. Sowohl der Kaiser wie auch der Sultan wünschten nun einen Friedensschluss. Zar Peter I. versuchte vergeblich, Kaiser Leopold zur Fortsetzung des Krieges zu bewegen. In Karlowitz, einem kleinen Dorf im Niemandsland südlich der Donau, fanden 1698 die Friedensverhandlungen statt. An diesen nahmen auch Delegationen Polens, Russlands und Venedigs teil. 1699 konnten die Verträge mit dem Kaiser und Polen unterzeichnet werden. Der Friede war auf 25 Jahre befristet. Er sprach den Habsburgern ganz Ungarn und Siebenbürgen mit Ausnahme des Temesvarer Banats zu. Damit ging die eineinhalb Jahrhunderte dauernde Besetzung Ungarns durch die Osmanen zu Ende.
Die Türkenkriege waren freilich damit noch nicht zu Ende. Kaiser Karl VI. erneuerte das Bündnis mit Venedig und erklärte den Osmanen den Krieg. Unter dem Oberbefehl Prinz Eugens, der ab 1703 Präsident des Hofkriegsrates war, eroberten die kaiserlichen Armeen Peterwardein, Temesvár und im August 1717 auch Belgrad. Erneut war auch ein Batthyány, und zwar Ludwig Ernst, der Sohn Adams II., an diesen Kämpfen als Hauptmann beteiligt. 1737 wurde er ungarischer Hofkanzler und 1751 Palatin. Die Friedensverhandlungen fanden im Dorf Passarowitz bei Smederevo statt. Am 21. Juli 1718 wurde der auf 21 Jahre befristete Friedensvertrag unterzeichnet. Das Banat von Temesvár gelangte nun endgültig an das Habsburgerreich. Andere Gebiete gingen später wieder verloren, als 1737 neuerlich ein Türkenkrieg ausbrach. Sie mussten 1739 im Frieden von Belgrad wieder abgetreten werden.
Die Belastungen, die von der Bevölkerung in Ungarn getragen werden mussten, waren enorm. Nach der Niederlage der Osmanen vor Wien und dem Beginn der Rückeroberung musste das Land angeblich 8 Millionen Gulden für die kaiserliche Armee aufbringen. Nominell wurden die Lasten 1686 auf 4 Millioen Gulden pro Jahr reduziert. Wie hoch die tatsächlichen Belastungen waren ist jedoch unbekannt. Nach Schätzungen mussten 1683 bis 1699 jährlich im Durchschnitt mehr als 3 Millionen Gulden aufgebracht werden. Die Einquartierungen der kaiserlichen Soldateska waren von Gewalttätigkeiten, Not und Elend geprägt. Die Kaiserlichen behandelten die "bfereiten" Gebiete wie erobertes Land und pressten heraus, was nur ging. Erst jetzt fielen weite Gebiete unter diesem Druck wüst. 1687, nach der Eroberung der Tiefebene und Siebenbürgens, wurden die jährlichen ungarischen Kontributionen von 800 000 auf 2 Millionen Gulden erhöht, 1697 sogar auf 4 Millionen Gulden, allerdings einschließlich der Naturalien (QUartiergelder, Proviant, Futter, Vorspanndienste ...). Jedenfalls lag in dieser Steuerlast einer der Hauptgründe für den Aufstand Franz II. Rákoczis. In Siebenbürgen waren um 1690 ständig 8 000 bis 10 000 Soldaten stationiert. Das Land hatte dafür jährlich 2 Millionen Gulden aufzubringen. Zusätzlich bewilligte der Siebenbürgische Landtag zur Verpflegung der Armee eine jährliche Steuer von 700 000 Gulden. Auch in Siebenbürgen wurden die Steuern gewaltsam eingetrieben. 1703 begann der antihabsburgische Aufstand. 1697 wurden die Militärbudgets der Monarchie neu geregelt. Ungarn hatte mit 4 Millionen Gulden ein Drittel der Gesamtlast aufzubringen, Siebenbürgen mit 1 Million über 8 %. Erst im Frieden von Szatmar 1711 wurde die ungarische Steuerlast auf 2 Millionen Gulden herabgesetzt.
Im Befreiungskrieg gegen die Osmanen war der kaiserliche Kriegs- bzw. Oberkriegsfaktor Samuel Oppenheimer, ein jüdischer Bankier in Wien, der wichtigste Armeelieferant. In seinen Händen lag die Versorgung der kaiserlichen Armee in Ungarn mit Nahrungsmittel, Kleidung, Munition, Pferden isw. Dafür wurden ihm die Steuereinnahmen überlassen. Nach seinem Tod 1703 erklärte der Fiskus über seinen Nachlass den Bankrott, was den völligen Zusammenbruch des Staatskreditwesens zur Folge hatte. Im Gefolge entstand der "Banco de Giro", die erste Bank als staatliches Unternehmen, der aber schon bald scheiterte. Nachfolger Oppenheimers als Geldgeber wurde sein Neffe Samson Wertheimer, 1703 zum Hoffaktor ernannt. 1720 hatte die Fa Wertheimer 6 Millionen Gulden Forderungen an den Fiskus. Der Krieg wurde also weitgehend durch Staatsschulden finanziert. Erst das Bündnis mit England und den Niederlanden in den 1690er Jahren ermöglichte allmählich den Aufbau eines neuen Kreditsystems, das auf Anleihen auf die Quecksilber- und Kupferproduktion aufgebaut war. Damit, aber auch mit Anleihen im Inland, über die Wiener Stadtbank - deren Obligationen waren bald eine beliebte Anlageform - konnte die Armee finanziert werden.
Die Frage, die man sich im zurückeroberten Ungarn stellte, war: Wie würde die Wiener Zentralretgierung mit dem Land umgehen? Der ungarische Beitrag zu seiner Befreiung war ja eher bescheiden. Die ungarischen Husarenregimenter kämpften zwar tapfer, wurden aber eher zu untergeordneten Aufgaben eingeteilt, etwa zur Belagerung kleinerer Festungen. Zu größeren finanziellen Leistungen war der ungarische Adel nicht bereit. Vielen Kaiserlichen galten die Ungarn, vor allem die Soldaten der Grenztruppen, noch immer als unzuverlässig. Unter den hohen Militärs der Befreiungstruppen spielten die Ungarn keine Rolle. Nur zwei Ungarn, beide aus dem Hause der Pállfy, erreichten den Rang von Feldmarschällen.
Trotz dieser bescheidenen Leistungen hielten die ungarischen Stände, allen voran der Palatin Paul Esterházy, an der Fiktion eines uneingeschränkten Entscheidungsrechtes über alle ungarischen Fragen fest. Sie wollten eine Wiedererrichtung des mittelalterlichen Ungarn. Die türkische Besatzung über eineinhalb Jahrhunderte hätte nichts an den alten Rechten geändert, das Land wäre den "rechtmäßigen " Besitzern zurückzugeben. Die Regierung des Landes, das "Gubernium", stünde ausschließlich den ungarischen Ständen zu, ledigleich ein Vertreter des Hofkriegsrates sollte akzeptiert werden. Ungarn sollte eine eigene Armee haben ... Trotz der starken Betonung der Rechte des Königreiches wurden die Vorschläge Esterházys von den Ständen als zu weitgehend abgelehnt. Dabei drohten freilich ganz andere Vorstellungen, die in Richtung auf eine zukünftige Kontrolle des unzuverlässigen Landes gingen. Ein italienischer Mönch, Frater Gabriele, schlug die Abschaffung der ungarischen Verfassung und der veralteten Rechtsordnung vor, die Aufteilung des Landes in Bezirke unter königlichen Statthaltern, Besetzung der Komitatswürdenträger durch den Monarchen, Abschaffung der Steuerfreiheit des Adels, Aufnahme nur weniger Magyaren in die Armee usw. Seriöser war das "Einrichtungswerk" des Wr. Neustädter Bischofs Leopold Kollonitsch. Auch er wollte Bezirke, aber mit ständischen Würdenträgern an der Spitze der Bezirksgubernien. Rechtsreformen nach dem Vorbild der österreichischen Länder hielt er für unumgänglich. Er sah aber vor allem die zu hohe Belastung, ja Ausplünderung der ungarischen Bauernschaft durch Steuern. Er wollte sie auf ein vernünftiges Maß zurückführen und den Ständen ein Mitspracherecht zugestehen. Die Rückständigkeit des Landes sollte etwa durch Wirtschaftsförderung und die Gründung von zwei Universitäten behoben werden. Dass das "Einrichtungswerk" auf empörten Widerstand stieß und bis heute äußerst negativ beurteilt wird ist vor allem der Tatsache zuzuschreiben, dass Kollonitsch einige Rechte der Grundherrn aufheben wollte und die Ansiedlung von Deutschen vorschlug, um die zur Rebellion neigenden Magyaren zu bändigen. Tatsächlich verwirklicht wurden keine dieser Vorstellungen. Die neu geschaffenen Einrichtungen entsprangen eher den pragmatischen Bedürfnissen, die Steuern wurden nach dem alten System der Portenbesteuerung eingehoben. Esterhazy etwa schätzte die Leistungen Ungarns zwischen 1683 und 1690 auf 30 Millionen Gulden, das waren etwa 40 % der gesamten Kriegskosten. Alle Versuche, den ungarischen Adel zu besteuern, scheiterten. 1698 etwa schrieb König Leopold 4 Millionen Gulden an Abgaben vor, wovon ein Drittel der Adel und die Geistlichkeit tragen sollten. Die Stände aber lehnten nicht nur den hohen Betrag, sondern prinzipiell jede Steuerpflicht ab. Der Hof musste nachgeben. Lediglich zu einer geringen freiwilligen "Beisteuer" erklärten sich die Stände bereit.
Keine Frage ist, dass Ungarn, oder besser gesagt dessen Bauern, hohe Leistungen für die Versorgung der kaiserlichen Armeen erbrachten. Es kann auch nicht bestritten werden, dass in den ersten Jahren nach der Rückeroberung einige Missstände einrissen, die Steuern mit Gewalt eingetrieben wurden und die Leistungen nicht immer - wie vorgesehen - tatsächlich bezahlt wurden. Einen besonders schlechten Ruf hatte und hat etwa General Caraffa,später Generalkriegskommissar. Er ließ Debrecen, das die hohen Steuern nicht aufbringen konnte, plündern und einige Bürger foltern. Zu einem völlig ungerechtfertigten Schauprozess - den einzigen während der ganzen Epoche - kam es im Raume Eperjes (Preschau) und Kaschau, wo willkürlich 14 Bürger hingerichtet wurden. Man warf ihnen vor, Anhänger Thökölys zu sein. Früher wurde in der unagrischen Geschichtsschreibung auch immer wieder auf die für da ungarische Bauerntum ruinöse Steuereintreibung hingewiesen. Jüngere Forschungen aber zeigen, dass dieses Bild keineswegs stimmt. In einigen Gebieten kam es sogar zu einem respektablen wirtschaftlichen Aufschwung, zu einer Konjunktur, die nicht zuletzt auch der Heeresversorgung geschuldet war.
Die Rückeroberung Ungarns war mit der Einführung absolutistischer Grundsätze verbunden. 1687 wurde auf dem Preßburger Reichstag die freie Königswahl abgeschafft und der Reichstag wurde danach 21 Jahre lang nicht mehr einberufen. Die von den Ungarn geforderte Union mit Siebenbürgen kam nicht zustande. Das Land wurde nicht in Bezirke eingeteilt und die Reorganisation der Komitate keineswegs behindert, auch wenn dieser Prozess in den rückeroberten Gebieten noch lange dauern sollte. Auch die Rückkehr der Adeligen und der Bauern in ihre alten Herrschafts- und Siedlungsgebiete wurde nicht behindert. Die Verwaltung der rückeroberten Gebiete wurden der Hofkammer und dem Hofkriegsrat übertragen. Die Organe der adeligen Autonomie in den Komitaten hatten realtiv wenig Einfluss. 1686 wurde das Cammeral - Inspectorat zu Ofen, 1688 die Cammeraladministration zu Ofen mit 19 Prefektoraten im ganzen Land eingerichtet. Die Beauftragten des Generalkriegscommissariates hatten die Aufgabe, die Kriegssteuern einzutreiben. Zur Versorgung der Armee wurden große Magazine eingerichtet. Die ungarische Geschichtsschreibung sieht in diesen Organen Instrumente zur Ausbeutung des Landes, zumal viele Ämter von Deutschen und Kroaten besetzt wurden und Deutsch die Amtssprache war. Es gab Eigenmächtigkeiten und Korruption, meist aber wirkten tüchtige und redliche Beamte, die bestrebt waren, in ihrem Aufgabenbereich Ordnung zu schaffen. Der Aufschwung in den neu besiedelten Gebieten blieb auch nicht aus.
Ein besonderes Problem war die Rückgabe der Güter an die früheren Grundherrn. Der frühere Besitz musste durch Dokumente belegt werden. 1688 verfügte König Leopold, dass auch diese, die den Nachweis erbringen konnten, eine 10 % -ige Abgabe vom Wert zu entrichten hatten. In der Hofkammer wurde die Neoaquistica Commissio gegründet, die die Rückgabeforderungen beurteilte. Ein Teil der herrenlosen und Kammeralgüter gelangte durch Schenkung und Kauf in die Hände neuer, "fremder" Besitzer. Prinz Eugen etwa erwarb große Liegenschaften. Eine gezielte und bewusste "Germanisierung" war keineswegs das Ziel. Deutsche Grundherrn, Offiziere und Soldaten sowie Kammerbeamte blieben aber vielfach, wodurch sich die Zusammensetzung der Bevölkerung veränderte. Die Neubesiedlung erfolgte aber vor allem durch UNgarn aus den Berggebieten und besonders durch die vielen Serben, die vor der Türkenherrschaft geflohen waren und in großen Gruppen bei Garantie ihrer Freiheiten, etwa der Ausübung der orthodoxen Religion, aufgenommen und angesiedelt wurden. Später begann die Einwanderung der Donauschwaben in großer Zahl. Aber auch sie wurden keineswegs nach ethnischen Kriterien in das Land geholt. Man brauchte eben besonders fleißige und tüchtige Kolonisten katholischer Religion.