Im Mittelalter waren es zwei Orden, die im westungarisch - burgenländischen Raum bei der Christianisierung und Kolonisation eine wichtige Rolle spielten: die Benediktiner und ganz besonders die Zisterzienser. Augustiner - Eremiten und Ritterorden spielten eine Nebenrolle. Im Spätmittelalter kamen weitere Orden hinzu, besonders die Pauliner.

1157 gründete Graf Walfer in Güssing ein Benediktinerkloster, das der Abtei St. Martinsberg (Pannonhalma) unterstellt war. Das Gebäude stand am Güssinger Burgberg. Das Kloster wurde mit reichem Grundbesitz ausgestattet, darunter auch Weingärten. Aber schon bald errichtete König Bela III. an der Stelle des Klosters eine neue Burg (Novum Castrum, Ujvár). Die Familie der Stifter, die Güns - Güssinger, wurden mit dem Kloster Kapornak im Komitat Zala entschädigt, die Abtei St. Martinsberg wurde mit einer späteren Entschädigung vertröstet. Erst 1236 wurde der Streit um diese Entschädigung, in den sogar der Papst eingeschaltet wurde, durch König Bela IV. entschieden. St. Martinsberg erhielt andere Güter als Entschädigung.

Zwei weitere Bendiktinerklöster entstanden nahe der burgenländischen Grenze auf ungarischem Gebiet: Jak und Leiden (Lebeny). Jak entstand als Sippenkloster und Begräbnisstätte der Herren von Jak. Ihr Ahnherr war Wenzelin von Wasserburg, der schon früh, im Gefolge der Königin Gisela, aus Bayern nach Ungarn kam. Er wurde eine der wichtigsten Stützen des christlichen Königtums in Ungarn und erhielt Besitzungen in Jak, Eberau und Pernau (Pornó). 1223 wurde erstmals ein Abt von Jak genannt. Die Kirche der Abtei besteht - nahezu unverändert - bis zum heutigen Tag und ist eines der berühmtesten Baudenkmäler Ungarns aus romanischer Zeit. Auch die Kirche in Leiden ist erhalten geblieben. Beide Klöster strahlten auch in den burgenländischen Raum aus. Die Abtei Leiden wurde von der Familie der Grafen Both/ Györ, von Alexander II. im Jahre 1202 gegründet. Der Ort Pama gehörte der Abtei.

Weit wichtiger als die Bebediktiner waren die Niederlassungen der Zisterzienser, deren Kolonisationsarbeit das Land viel verdankt: die Klöster in St. Gotthard, Pernau, Klostermarienberg und die Besitzungen der Abtei Heiligenkreuz im Wienerwald am Neusiedler See.

St. Gotthard wurde schon von Bela III. 1183 gegründet, 1184 zogen 12 Mönche aus dem französischen Kloster Trois- Fontaines in St. Gotthard ein. Das neue Kloster wurde vom Zehent und von allen Steuern befreit. Die Mönche durften ihren Abt selbst völlig frei wählen. 1187 bestanden Grangien (Wirtschaftshöfe) in Mogersdorf, Weichselbaum, Jennersdorf, Potschendorf ... Vom Bischof von Raab und anderen Wohltätern bekam des Kloster Weingärten in Heiligenbrunn. Das Gebiet von Neuhaus am Klausenbach wurde der Abtei vom Gespan Eisenburgs entzogen und den Grenzwächtern von Zala übergeben. Auf Befehl des Königs Andreas II. musste dieser Besitz zurückgegeben werden. Bevor sie abzogen plünderten die Grenzwächter dieses Gebiet aber aus. 1219 trat Stephan, der Sohn des Banus Chepan aus dem Geschlecht Jak, in das Kloster St. Gotthard ein. Er übergab das Patronatsrecht über die Kirche in Pernau mit den dazugehörenden Dörfern Eberau, Oberbildein, Deutsch Schützen und Kulken dem Orden. In Pernau bestand ebenfalls ein von den Jak gegründetes Kloster. Allerdings konnte St. Gotthard diese neuen Besitzungen nur kurz behalten, Eberau und Pernau gingen verloren.

Sehr große Bedeutung hatte im Bereich des heutigen Mittelburgenland das Zisterzienserstift Klostermarienberg. Es wurde um 1195 von Dominikus aus dem Geschlecht der Miskolcz gegründet, als Buße für ein nicht eingehaltenes Kreuzzugsgelübde. 1197 wurde das KLoster mit Mönchen aus Heiligenkreuz unter Abt Walther besiedelt. Das Kloster wurde überaus reich ausgestattet. Folgende Dörfer wurden ihm übertragen: Mannersdorf, Strebersdorf, Kroatisch Minihof, Kleinwarasdorf, Prösing, Siegersdorf, Putzelsdorf und Agendorf bei Ödenburg. Später kamen weitere Güter hinzu, etwa in Lutzmannsburg die Schenkung eines Ritters Iwan. 1279 schenkte Graf Lorenz aus dem Geschlecht Aba Lembach im Gebiet von Kirchschlag (Ungarisch Lembach, später wüstgefallen), Karl und Unterrabnitz. 1276 kam der größte Teil von Klingenbach an Klostermarienberg, ebenso Flanschendorf (Wüstung im Gebiet Kittsee - Engerau).

Die Zisterzienser von Heiligenkreuz wurden ebenfalls mit Gütern im benachbarten Ungarn ausgestattet und trugen viel zur Kolonisation des Gebietes um den Neusiedler See bei. 1203 bestätigte König Emmerich den Zisterziensern den Besitz von Königshof. Vorübergehend planten die Mönche sogar aus wirtschaftlichen Gründen die Verlegung ihres Klosters nach Königshof. Der Besitz blieb bis 1912 im Besitz der Abtei und musste dann zur Vergrößerung des Brucker Militärlagers an den Staat verkauft werden. 1221 schenkte Graf Poth seinen Besitz in Winden den Heiligenkreuzer Zisterziensern. Auf dem Gebiet dieser Schenkung wurde im 18. Jahrhundert die neue Siedlung Kaisersteinbruch angelegt. 1217 schenkte König Andreas II. dem Orden die frühere Petschenegensiedlung Leginthow, das spätere Mönchhof. Ebenso kam damals Podersdorf teilweise in den Besitz des Klosters.1278 schenkte König Ladislaus IV. Mühldorf bei Nickelsdorf, seit 1317 Vogeldorf zwischen Frauenkirchen und Gols, 1318 Zatschen. Im 14. Jahrhundert kauften die Heiligenkreuzer Katzendorf zwischen Podersdorf und Illmitz zur Hälfte und bekamen die andere Hälfte geschenkt. Auch Michldorf und Lehndorf gehörten dem Kloster. Die meisten dieser Orte wurden von den Türken zerstört und wurden nicht wieder aufgebaut. Um Pellendorf wurde lange gestritten. Der Ort kam schließlich an Gols.

Die Augustiner - Chorherrn waren mit der Propstei Marz - Rohrbach vertreten. Ob mit "Hurpach" tatsächlich Rohrbach gemeint war oder Sopronhorpács bei Güns ist umstritten. In Marz musste es jedenfalls eine kleine Mönchsgemeinschaft bestanden haben, da mehrere "Äbte" genannt werden. Der Standort in Marz wurde lange vergeblich gesucht. In der Ortsmonographie von Marz hat Leonhard Prickler das Kloster im späteren Pfarrhof glaubwürdig lokalisiert.

Für die Anwesenheit von Ritterorden gibt es keine Beweise, trotz der Legenden, die vor allem über die angeblichen Templer in Lockenhaus erzählt werden. Urkundlich gesichert ist einzig der Besitz der Johanniter in Loipersbach, der zu ihrem Kloster in Ödenburg gehörte. Im Jahre 1238 bestätigte König Bela IV. dem Orden den Besitz des Dorfes mit 4 Hufen. Wann der Besitz erworben wurde geht aus der Urkunde nicht hervor. Es könnte schon 1217 gewesen sein, als der Orden den Zoll des Baboter Tores in Ödenburg erhielt.

Im Gebiet von Hannersdorf - Woppendorf wird 1244 eine "terra Cruciferorum" , ein Dorf der Kreuzritter, erwähnt. Vielleicht waren sie an der Verteidigung der Wehranlage von Burg beteiligt. In der Urkunde von 1225 wird im Bereich von Kroatisch Minihof, Kroatisch Geresdorf und Spanfurt (Wüstung) von Johanniterbesitz gesprochen, freilich ohne nähere HInweise. Die Deutschordensherrn von Wr. Neustadt hatten kleinere Besitzungen in Alrams (Wüstung bei Neudörfl - Pöttsching).