Im Spätmittelalter wurden keine Benediktiner- oder Zisterzienserklöster mehr gegründet. Immer wichtiger wurden hingegen die Bettelorden, die Franziskaner und Dominikaner, die sich in den aufstrebenden Städten niederließen. Seit 1232 bestand eine eigene Ordensprovinz der Franziskaner in Ungarn. Die Franziskanerklöster, etwa das Kloster in Ödenburg, wurden zu Mittelpunkten des geistlichen Lebens. Die Franziskaner, die keinen Besitz erwerben durften, waren in der Bevölkerung beliebt und traten oft in Konkurrenz zu den Pfarrkirchen. Sie betreuten meist auch die zahlreichen Bruderschaften, die damals in den Städten entstanden.
Eine Besonderheit der europäischen Klosterlandschaft war der Orden der Pauliner (Ordo Sancti Pauli Primi Eremitae (OSPPE), der einzige Orden, der in Ungarn gegründet wurde und dort auch sein Hauptverbreitungsgebiet hatte. Zu Beginn des 13. Jahrhunderts erfolgte der Zusammenschluss von Eeremiten, für den der selige Eusebius von Gran 1262 eine Approbation erhielt. 1308 wurde der Orden vom Papst endgültig anerkannt und die Augustinerregel übernommen. Patron des Ordens ist der heilige Paulus von Theben. Der Orden verbreitete sich über Ungarn hinaus vor allem in Kroatien, Dalmatien, Böhmen und Polen. Einen Rückschlag brachte in Ungarn das Vordringen der Türken. Im 17. und 18. Jahrhundert erlebte der Orden eine neue Blütezeit, als der Orden auch in der Pfarrseelsorge tätig wurde. Unter Josef II. wurde der Orden aufgelöst. Auf westungarisch - burgenländischem Gebiet entstanden Paulinerklöster in Schlaining, Eberau und Baumgarten sowie in Wandorf bei Ödenburg. Auch in Neusiedl am See bestand von 1689 bis 1786 ein Paulinerkloster. Baumgarten, Schlaining und Eberau waren "Geschlechterklöster", sie standen also in der Tradition adeliger Klostergründungen. Die Adelsfamilien schufen mit diesen Stiftungen seit dem 12. Jahrhundert Klöster als geistliche Mittelpunkte ihrer Herrschaften und als Familiengrablegen. In diesen Klöstern sollte an die Vorfahren erinnert und für das Seelenheil der Familienangehörigen gebetet werden. Diese Klöster dienten auch der Demonstration ihrer Macht und ihres Ansehens. Das Kloster in Schlaining wurde 1461 von Andreas Baumkircher gegründet, Eberau - Kulm 1473 von Berthold II. von Ellerbach und Baumgarten 1475 von Ulrich und Wolfgang von Grafeneck. Das waren durchwegs Aufsteiger in den Herrenstand, die ihren Rang und Geltungsanspruch auf diese Weise demonstrierten.
In Lockenhaus gab es einen Konvent der Franzikaner, der 1316 von den Herrn von Güssing gegründet wurde. Ein Quardian Vinitus war Beichtvater des Grafen Nikolaus II. ("der Hahn") von Güssing. Das Kloster lag inmitten des heutigen Friedhofs. 1336 wurde es während der Eroberung der Burg zerstört. Zwar wurde es wieder aufgebaut, 1532 aber von den Türken endgültig vernichtet. In Eisenstadt wurde 1386 vom Johann von Kanizsai, Erzbischof von Gran, ein Franziskanerkloster gegründet. 1420 erhielt das Kloster von Stephan von Kanizsai das praedium Magyartelek (Osliper Meierhof), sowie Besitzungen in St. Georgen und Kleinhöflein, Antau und Wulkaprodersdorf. 1433 und 1499 wurde das Kloster noch erwähnt. 1515 lagen die Klosterbesitzungen in Oslip öde.
Das Paulinerkloster in Kulm - Eberau wurde 1473 von Berthold von Ellerbach gegründet. Seine Witwe führte den Bau zu Ende. 1493 wurde die Kirche mit fünf Altären geweiht. Es zogen sechs Ordenspriester ein, die sich auch der Seelsorge widmeten. Die Pauliner besaßen einen Meierhof, einen Edelhof, einen großen Garten und mehrere Äcker und Weingärten in Eberau. Der größte Teil der Dörfer Hagensdorf, Deutsch Ehrensdorf und Winten wurde ihnen übergeben, dazu kamen Äcker in Loipersdorf und St. Kathrein. Später erfogten noch Schenkungen von Geistlichen. Mit Johann von Ellerbach, dem Sohn des Gründers, starb die Familie aus. Er hienterließ den Paulinern noch eine reiche Stiftung.
Kloster Baumgarten war eine Gründung Ulrichs von Grafeneck und seines Sohnes Wolfgang. (1475). Schon 1493 brannte das Kloster ab. Die Mönche zogen sich nach Wandorf zurück. Die Güter des Klosters blieben im Besitz der Mönche, darunter das Dorf Baumgarten, ein Meierhof, eine Mühle und drei Fischteiche in Schattendorf, Weingärten in Rust und in Mörbisch und drei Häuser in Ödenburg. Um diese Besitzungen wurde später lange gestritten.
Das Kloster in Stadtschlaining wurde von Andreas Baumkircher gestiftet. 1462 bekam der Stifter von Papst Pius II. für die Kirche und das Kloster Ablässe. Die Klosterkirche wurde später evangelisch, dann katholische Pfarrkirche. Die Besitzungen des Klosters waren eher bescheiden: ein Gut in Prössing, bei Csatár an der Pinka und am Tauchenbach Mühlen, in Neumarkt ein Fischteich.
Die Augustiner - Chorherrn hatten ein Kloster in Güssing. Es wurde um 1400 oder unter Nikolaus Ujlaky, ab 1457 Pfandherr von Güssing, gegründet. 1519 erhielt das KLoster von Lorenz Ujlaky das Dorf Ollersdorf und die Zölle von Güssing, Rudersdorf, Rauchwart und Stegersbach.