Beim Tod Pauls I. hatten die Esterhazybesitzungen ihre größte Ausdehnung erreicht. Nur zwei Herrschaften wurden später erworben: 1802 Pottendorf und 1804 Edelstetten in Schwaben. 1695 wurden die Fürstlich Esterhazyschen Besitzungen in einem Familienfideikommiss zusammengefasst.
1761 gehörten etwa 30 Herrschaften zum Fürstlich Esterhazyschen Majorat. Sie wurden in zwei Gruppen eingeteilt: in die oberen oder deutschen Herrschaften und die unteren oder ungarischen Herrschaften. Zu den oberen Herrschaften gehörten Forchtenstein, Pöttsching, Eisenstadt, St. Margarethen, Frauenkirchen, Kapuvar, Süttör, Kobersdorf, Landsee-Lackenbach, Deutschkreutz, Lockenhaus, Güns und Schwarzenbach. Zu den unteren Herrschaften gehörten diejenigen südlich des Plattensees (Ozoraer Distrikt) und die Herrschaften in Nord- und Ostungarn. Neben den Herrschaften zählte auch ein umfangreicher Hausbesitz zum Majorat: in Wien, Ödenburg, Ofen, Pest, Pressburg und in weiteren Städten und Märkten.
Die Inspektorate, ab 1806 auch als Präfektorate bezeichnet, wurden 1721 nach dem Tode des Fürsten Joseph von der Tutoratsverwaltung geschaffen. Es war dies eine vom König eingesetzte vormundschaftliche Verwaltung für die unmündigen Kinder des Fürsten. Sie sollten ursprünglich nur der Kontrolle dienen, entwickelten sich aber zu einer mittleren Verwaltungsebene. 1722 gab es vier, zu Beginn des 19. Jahrhunderts 7 Inspektorate.
1692 wurde eine Zentralbuchhaltung und 1705 eine Generalkassa, beide mit Sitz in Eisenstadt, eingerichtet. Damit begann die Zentralisierung der Verwaltung des riesigen Güterkomplexes. Noch unter Paul I. wurden Güterpräfekturen geschaffen, denen jeweils mehrere Herrschaften unterstanden. Die zentralen Ämter auf höchster Ebene waren die Güterverwaltung und die Hofverwaltung.
In der zentralen Güterverwaltung gab es das Majoratssekretariat und die Esterházische Kommission. An der Spitze des Majoratssekretariates standen gebildete Personen, etwa der aus Hamburg stammende Jakob Kaufmann oder der rechtskundige Pressburger Johann Karner, vorübergehend auch Stadtrichter in seiner Heimatstadt, der das Sekretariat lange leitete und teilweise auch die Funktion eines Privatsekretärs des Fürsten erfüllte. Sitz des Sekretariates, in dem 11 bis 13 Bedienstete arbeiteten, war nach 1761 in Wien, nach der Fertigstellung des Schlosses im Sommer auch Esterháza. Die Esterhazysche Kommission war das zentrale Leitungs - und Lenkungsorgan. Sie wurde geschaffen als Paul II. Anton als Sonderbotschafter an den den königlichen neapolitanischen Hof berufen wurde. Fünf Mitglieder gehörten der Kommission an, von denen einige schon vorher wichtige Aufgaben in der Verwaltung hatten. Sie erhielten genaue Instruktionen und sollten in periodischen Abständen die Herrschaften visitieren und zusammen mit den Inspektoren Verbesserungen durchführen. Alle zwei Monate sollten sie eine Sitzung abhalten, zumeist in Eisenstadt. Kommissionspräsident war Hofrat Wachtl und ab 1751 der Lothringer Graf Josef Karl Herbeviller, der mit Eva Maria Meskó verheiratet war und im Schloss Draßburg residierte.
1763 führte Fürst Nikolaus I. Joseph das Regentenamt ein. Es gab zwei Regenten. 1764 wurde die Kommission aufgehoben. Stefan von Nagy versah zeitweise beide Ämter. Ihm konnten schließlich die Veruntreuung riesiger Summen nachgewiesen werden. 1785 wurde wieder eine nunmehr weit größere Kommission eingesetzt. Kommissionspräsident wurde Paul Eötvös. Sie wurde später in ein beständiges Zentralverwaltungsorgan mit der Bezeichnung Geheime Wirtschaftskanzlei umgewandelt, ab 1796 Wirtschaftsdirektion, ab 1806 Domänendirektion. Die Finanzverwaltung erfolgte durch die Generalkassa in Eisenstadt und die Distriktualkassen sowie die Kassa des Haushofmeisters. Daneben hab es auch für bestimmte Zwecke Sonderkassen. Ab dem Ende des 18. Jahrhunderts wurden Bilanzen für einzelne Betriebe oder Betriebszweige erstellt. Die riesigen Wälder der Fürsten unterstanden einer Forstmeisterei, ab 1801 zwei Waldmeistereien. 1803 wurde ein Oberwald- und Jägeramt geschaffen, das von der übrigen Zentralverwaltung weitgehend unabhängig war. Ihm waren die fünf Forstmeisterämter unterstellt. 1803 wurde in Eisenstadt ein zentrales Bauamt unter einem Baudirektor eingerichtet. Die starke Ausweitung der Schafzucht machte in der Domänendirektion auch eine eigene Abteilung erforderlich.
Zur Hofhaltung gehörten neben dem Hofstaat im engeren Sinn (Haushofmeister, Hofkontrollor, Schlösserinspektor ...etwa 125 Personen) die Hofgeistlichkeit mit Schlosspfarrer und -kapläne in Wien, Eisenstadt und Esterháza, die Hofmusiker, der fürstliche Marstall und die Grenadiergarde.