Einige Rätsel gibt die Jungsteinzeit der Forschung noch auf. Dazu gehören die großen Kreisgrabenanlagen in Niederösterreich, die man erst in den vergangenen Jahren mit Hilfe der Luftbildarchäologie entdeckt hat. Bis heute ist nicht vollständig geklärt, ob es sich um befestigte Anlagen mit Wohnbauten oder um kultische Plätze, um religiöse Versammlungsplätze, handelt.

Die jungsteinzeitlichen Schädelbestattungen beschäftigten die Archäologen - und die Phantasie der Menschen. Inzwischen wurden zahlreiche solcher Schädelbestattungen gefunden. Das Abtrennen und die gesonderte Bestattung des Schädels muss ebenfalls eine kultische Bedeutung gehabt haben. Im Gräberfeld von Zengövarkony in Ungarn fand man zahlreiche weibliche Bestattungen ohne Schädel - aber mit reichen Beigaben, was beweist, dass die für den Schädelkult bestimmten Frauen ein hohes gesellschaftliches Ansehen hatten.

An der Fundstelle der "Venus von Draßburg", am Draßburger Taborac, wurden in einer Grube neben Tonscherben und einer Feuersteinklinge auch 18 menschliche Schädelkalotten gefunden. Diese Hirnschalen wurden vom Gesichtsschädel getrennt und dienten als Schädelbecher. Welche Vorstellungen mit der Verwendung dieser "Gefäße" verbunden waren, kann man mit den Methoden der Archäologie leider nicht erschließen.