Die ersten energischen Maßnahmen wurden 1582 in Eisenstadt, dem Sitz des Verwalters der Herrschaft, getroffen. Dort wirkten neben dem evangelischen Pfarrer Beigewitzer auch der Flacianer Böttiger und Stephan Consul. Böttiger hatte allerdings die Stadt schon 1581 verlassen müssen. Der Klosterrat setzte Beigewitzer ab und an seine Stelle den katholischen Priester Dr. Georg Würffl ein. Auch der Herrschaftsverwalter Kollonitsch sollte abgesetzt werden, doch konnte sich dieser nach einer Demütigung vor Erzherzog Ernst halten. Es wurde ihm striktest untersagt, Pfarrer einzusetzen, jeder weitere Aufenthalt evangelischer Pfarrer in der Stadt und Herrschaft wurde untersagt. Auch die Eisenstädter Ratsmitglieder, durchwegs Protestanten, wurden entsprechend eingeschüchtert. Die Installation Würffls ging so rasch vor sich, dass es in der Stadt zu keinen Protesten kam. Das bedeutete freilich noch lange nicht die Anerkennung des katholischen Priesters. In den meisten übrigen Gemeinden der Herrschaft wurden die Pfarrer ebenfalls abgesetzt, die Befehle wurden aber einfach missachtet.

In Eisenstadt versah Dr.Würffl anfangs sein Amt mit Umsicht und Tatkraft. Er erkannte, dass Kollonitsch ein wesentliches Hindernis bei der Rekatholisierung war und forderte wiederholt dessen Absetzung. Würffl galt aber als extrem habgierig. Vom Klosterrat forderte er wiederholt die Verleihung zusätzlicher Pfarren. Sein Lebenswandel war aber anscheinend so, daß die Stadt gegen ihn heftige Klagen erheben konnte. Er musste die Pfarre schließlich verlassen. Erst 1586 erhielt die Stadt einen neuen katholischen Pfarrer. Johann Hofmann wurde vom Klosterrat sorgfältig ausgewählt. In der angeschlossenen Pfarre Kleinhöflein leistete man ihm vom Anfang an Widerstand, in Eisenstadt geriet er bald in Konflikt mit der mehrheitlich lutherischen Bürgerschaft. Man warf ihm vor, dass er einer evangelischen Einwohnerin das christliche Begräbnis verweigert habe.

Als 1588 der Richter und Rat gewählt wurden, lehnte sie der Landesfürst ab, nachdem Hofmann sie in einer Stellungnahme als nicht katholisch bezeichnet hatte. Der Pfarrer schlug einen katholischen Bewerber um das Richteramt vor. Auch im Klosterrat hatte man inzwischen erkannt, dass die evangelischen Richter und Geschworene mit ein großes Hindernis für die Katholisierung waren. Wieder wollte man in Eisenstadt exemplarisch für die ganze Grafschaft vorgehen. Eine Kommission sorgte für die Neuwahl des Richters, der versprechen musste, der katholischen Religion und dem Pfarrer zu folgen. Die evangelischen Ratsmitglieder und Amtleute wurden abgesetzt. Daraufhin begann man, auch die entfremdeten Kirchengüter zurückzufordern.

All dies aber blieb ohne Erfolg im Hinblick auf das Bekenntnis der Bürger. Die Eisenstädter begannen, zum evangelischen Pfarrer Friedrich Stock nach Katzelsdorf "auszulaufen" und ließen dort ihre Kinder taufen. Hofmann beschwerte sich immer wieder, etwa über den evangelischen Kirchenmeister oder über den Stadtschreiber Michael Lampelstätter, der "...in der sectischen Religion vasst halsstarrig und hizig ist..." , der nicht nur ein Gegner der Katholiken ist, sondern "gibt nit wenig Vrsach daz auch andere vom catholischen Glauben und gehorsamb abgehalten und verhindert werden..." (Sinowatz,S.70). Er und die evangelischen Ratsmitglieder sollten, meinte der Pfarrer, nach Wien zitiert und gebührend bestraft werden. Lampelstätter besuche außerdem keinen Gottesdienst, predigt in seinem Haus und singt überlaut lutherische Lieder. Dazu kam noch, daß 1589 während eines Brandes das Langhaus der Martinskirche einstürzte und der Pfarrer in Eisenstadt keine Messen halten konnte. "...Nun aber begibt es sich von tag zu tag, das die Gmein Von der Kirch und Gottesdienst abweichen, Vnd sich zu denen anderen sectischen Predicanten hauffenweis begeben, khomben in keine Khirchen, lassen weder sich zusammengeben, noch Kind tauffen, Und da ich inen gleich mit der Obrigkeit drohe, so geben sy doch nichts darumb, lachen sich die Handt voll, tun Ires gefallens was sy wollen..." (Sinowatz,S.72)

Für den Wiederaufbau der Kirche bewilligte der Hauptmann keine Mittel, die Gemeinde bekannte sich wieder offen zum Protestantismus. Nach Hofmanns Tod blieb die Pfarre wieder unbesetzt. 1596 wurde Ambrosius Feigl als Pfarrer angestellt. Bei der Visitation von 1597 hatte Feigl, obwohl schon zwei Jahre im Amt, erst 60 Kommunikanten. Bei den angesehenen Bürgern und Handwerkern war der Protestantismus ungebrochen. 1601 wurde der angesehene evangelische Bürger Simon Gruber zum Stadtrichter gewählt. In Wien verweigerte man die Anerkennung. 1505/6 während der Bocskay-Wirren war er wieder Richter, die Stadtverwaltung wieder in den Händen der Protestanten. Die Stadt ging aber keineswegs zu den Aufständischen über, sie verteidigte sich gegen sie. Erst der nächste katholische Pfarrer , Georg Batthicus, der 1605 sein Amt antrat, kam besser mit der Stadtverwaltung aus. Unter ihm und unter seinen unfähigen Nachfolgern blieb Eisenstadt lutherisch. Erst 1614 begannen erneut gegenreformatorische Maßnahmen.

Wieder wurden evangelische Richter abgelehnt und 1617 hielt der Jesuitenorden seine erste Mission ab. Zehn angesehene evangelische Bürger wurden aus der Stadt vertrieben. Sie fanden in Ödenburg Zuflucht. Weitere scharfe Drohungen von Seiten des Kaisers folgten, denen man schließlich nachkommen musste. Im Inneren blieben aber viele Eisenstädter noch lange ihrem lutherischen Glauben treu.


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